Locus 777

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,683,465 – 2,683,599
Length 134
Max. P 0.693512
window1239 window1240

overview

Window 9

Location 2,683,465 – 2,683,559
Length 94
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.05
Mean single sequence MFE -35.07
Consensus MFE -25.68
Energy contribution -26.52
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.693512
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2683465 94 + 27905053
--CUCGGGAUA------------------------AGCGCGUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGAGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGUUUGCAUAAUAGAGGU
--(.(((((((------------------------......))))))).)......(((.((((..((.....))))))(((((((..((((((...))))))..))))))).....))) ( -31.20)
>DroSec_CAF1 42959 94 + 1
--CUCGGGAUA------------------------AGCGCGUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGUCCAAGGACGCGCCGGAUUAUGCAAGUUUAUGCAACGUAUGGGUUUGCAUAAUAGAGGU
--(.(((((((------------------------......))))))).)......((..(((....)))))(((..((((((((((..(((((...)))))..))))))))))...))) ( -31.30)
>DroSim_CAF1 36123 94 + 1
--CUCGGGAUA------------------------AGCGCGUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGUUUACAUAAUAGAGGU
--(((......------------------------.(((((..((((((...........))...)))))))))...((((((.((..((((((...))))))..)).)))))).))).. ( -26.80)
>DroEre_CAF1 36858 94 + 1
--CUCGGGAUC------------------------UGCGCGUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGAAUGGGCUUGCAUAAUAGAGGU
--(((.....(------------------------((.(((..((((((...........))...))))..))))))(((((((((((((((.......))))))))))))))).))).. ( -37.30)
>DroYak_CAF1 43476 94 + 1
--CUCGGGAUC------------------------UGUGCCUAUCCUGCGAAUUAAGACAGCUCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGCUUGCAUAAAUGAGGU
--(((((....------------------------(((((((...((((.......).)))....))).)))))))))((((((((((((((((...))))))))))))))))....... ( -33.20)
>DroAna_CAF1 30111 120 + 1
GGCUCGGGAUCGGGCUCGGGCUCUGGUUCUCGGCCAGGACAUAUCCUGCGAAUUAAGCCGGUCCAAGGACGCGCCCGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGGAUGGGCUUGCAUAAUAAAGAC
((((((....))))))(((((.(.......(((((((((....)))))........))))(((....)))).)))))(((((((((((((((.(...).)))))))))))))))...... ( -50.60)
>consensus
__CUCGGGAUA________________________AGCGCGUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGCUUGCAUAAUAGAGGU
..(((...............................(((((..((((((...........))...)))))))))...(((((((((((((((((...))))))))))))))))).))).. (-25.68 = -26.52 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 2,683,479 – 2,683,599
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.39
Mean single sequence MFE -36.90
Consensus MFE -30.76
Energy contribution -30.48
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.693365
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2683479 120 + 27905053
GUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGAGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGUUUGCAUAAUAGAGGUAAAUGUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
......(((.((((((((...((((.(((((((((..(((((((((..((((((...))))))..)))))))))...)))......))))))...))))....))).))))).))).... ( -38.00)
>DroSec_CAF1 42973 120 + 1
GUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGUCCAAGGACGCGCCGGAUUAUGCAAGUUUAUGCAACGUAUGGGUUUGCAUAAUAGAGGUAAAUGUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
......(((....(((((..(((....)))..(((..((((((((((..(((((...)))))..))))))))))...)))....)))))..((((((((......))))))))))).... ( -35.00)
>DroSim_CAF1 36137 120 + 1
GUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGUUUACAUAAUAGAGGUAAAUGUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
(..((((((...........))...))))..)(((..((((((.((..((((((...))))))..)).))))))...))).(((((.....((((((((......))))))))))))).. ( -30.60)
>DroEre_CAF1 36872 120 + 1
GUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGAAUGGGCUUGCAUAAUAGAGGUAAAUAUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
(..((((((...........))...))))..)(((..(((((((((((((((.......)))))))))))))))...))).......((((.(((((((......))))))))))).... ( -38.50)
>DroYak_CAF1 43490 120 + 1
CUAUCCUGCGAAUUAAGACAGCUCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGCUUGCAUAAAUGAGGUAGAUAUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
...((((((...........))...)))).(((((...((((((((((((((((...))))))))))))))))....)))...........((((((((......))))))))))..... ( -37.80)
>DroAna_CAF1 30151 120 + 1
AUAUCCUGCGAAUUAAGCCGGUCCAAGGACGCGCCCGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGGAUGGGCUUGCAUAAUAAAGACAAAUAUUUGUUUAACGGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
......(((.(((((((((((((....))).))(((((((((((((((((((.(...).)))))))))))))))..((((((....))))))..)))).....))).))))).))).... ( -41.50)
>consensus
GUAUCCUGCGAAUUAAGCCAGCCCAAGGACGCGCCGGGUUAUGCAAGUCUAUGCAACGUAUGGGCUUGCAUAAUAGAGGUAAAUAUUUGUUUAACUGGGAACUGCUCUAGUUAGCAUUGU
......(((.(((((((.(((((((.......(((..(((((((((((((((((...)))))))))))))))))...)))((((....))))...))))..))))).))))).))).... (-30.76 = -30.48 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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