Locus 7399

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 19,653,244 – 19,653,352
Length 108
Max. P 0.533874
window11958

overview

Window 8

Location 19,653,244 – 19,653,352
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.30
Mean single sequence MFE -30.88
Consensus MFE -24.39
Energy contribution -24.37
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.533874
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 19653244 108 + 27905053
UGUU-------GAUGACGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGGCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCGUUUGUUCCUUUGAUGUCG-----CUAAGUAAAUA
....-------.....(((((((((((........(((((..((((((..((((((.((.((......)).)))))))).))))))..))))))))))))))))-----........... ( -28.80)
>DroPse_CAF1 53662 113 + 1
UGCU-------GAUGACGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGCCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCAUUUGUUCCUUUGAUGUCGCCGCGCAGAGUAAAUA
(((.-------(.((.(((((((((((....((((((((.((((((.......))))))))).((((((.......))))))..)))))....))))))))))).))))))......... ( -31.50)
>DroWil_CAF1 71511 110 + 1
UGUU-------GAUGACGACGUCAAAGCCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGCCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCAUUUGUUCCUUUGAUGUCG---GGCAAAAUAAAUA
((((-------..((.(((((((((((....((((((((.((((((.......))))))))).((((((.......))))))..)))))....)))))))))))---..)).)))).... ( -30.20)
>DroMoj_CAF1 43410 110 + 1
UGCU-------GAUGAGGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGGCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCAUUUGUUCCUUUGAUGUAG---CUCUGGGUAAAUA
((((-------.(.(((.(((((((((........(((((.(((((((..((((((.((.((......)).)))))))).))))))).))))))))))))))..---)))).)))).... ( -32.10)
>DroAna_CAF1 39380 117 + 1
UGUUGCUCCCUGAUGACGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGUAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGGCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCGUUUGUUCCUUUGAUGUCG---CGCUAAGUAAAUA
..(((((....(.((.(((((((((((........(..((..((((((..((((((.((.((......)).)))))))).))))))..))..))))))))))))---)))..)))))... ( -29.10)
>DroPer_CAF1 53137 118 + 1
UGCUGA--GCUGAUGACGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGCCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCAUUUGUUCCUUUGAUGUCGCCGCGCAGAGUAAAUA
((((..--((.(.((.(((((((((((....((((((((.((((((.......))))))))).((((((.......))))))..)))))....))))))))))).)))))..)))).... ( -33.60)
>consensus
UGCU_______GAUGACGACGUCAAAGUCGAAGAUGGGCAUGUGAUAAAAUAAAUUACGGCCAGAUUAGUGCGAAUUUAAUUAUCAUUUGUUCCUUUGAUGUCG___CGCAAAGUAAAUA
................(((((((((((........(..((..((((((..((((((.((..(......)..)))))))).))))))..))..))))))))))))................ (-24.39 = -24.37 +  -0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:44:56 2006