Locus 72

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 482,045 – 482,264
Length 219
Max. P 0.998489
window126 window127 window128

overview

Window 6

Location 482,045 – 482,144
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.60
Mean single sequence MFE -49.02
Consensus MFE -20.27
Energy contribution -22.92
Covariance contribution 2.64
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.41
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.520021
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 482045 99 + 27905053
GCUAACGAAGGAGGGCCAG-----ACAUCGC-------------GCACGGAGGACG---AACUGGAGGAUCUUCAGCAGUUCUUUCUUGACCUGUUGGAGGCCGUACUCGCUGGCACGGU
((((.(((.......((((-----...((((-------------........).))---).)))).((.((((((((((.((......)).))))))))))))....))).))))..... ( -31.10)
>DroPse_CAF1 10160 117 + 1
GCUAGUGAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCUCAACGGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGCAGGAUCUGCAGCAGUUUUUCCUUGACCUCCUCGAGGCUGUGCUGGCGGGCACUGU
(((.....))).---((((.(((((((.(((...(((((((((((((((.(((((((((...(((((...)))))...)))))))))))).))))))..)))))))))))))))).)))) ( -58.40)
>DroGri_CAF1 6162 117 + 1
GCUGAUGCAGCC---AGAGCGUCCGCUGAGCACGAGCGCCGGGGAAACGGAGGAGGAGCAAAUGGCUGAUUUGCAACAAUUCUUUCUCGAUCUGCUCGAGGCCGUGCUGGCGGACACUGU
((((...)))).---..((.(((((((.((((((.((..((((.(....((((((((((((((.....))))))......))))))))....).))))..))))))))))))))).)).. ( -48.10)
>DroMoj_CAF1 6869 117 + 1
GCUGGUUAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCACCAGUGCCGGAGAGUCUGAGGAGGAGCAGAUGGCGGACUUGCAGCAGUUCUUCUUAGACCUACUUGAGGCCGUGCUGGCGGACACUGU
(((.....))).---((((.(((((((.(((((..(.(((.(((.(((((((.((((((.(...(((....)))..).)))))))))))))...)))..)))))))))))))))).)))) ( -49.90)
>DroAna_CAF1 11488 120 + 1
UCUGGCCAAGGAGGGCUUGCGUCCACUUAGCACCACCGCCGGGGAAUCUGAGGAGGAACAGCUUGAGGACUUGCAGCAGUUCUUUCUGGAUCUCCUGGAAGCCGUGCUUGCCGGCACAGU
.((((((.(((.((((....)))).)))(((((.....(((((..((((.(((((((((.((((((....))).))).)))))))))))))..))))).....)))))....))).))). ( -48.20)
>DroPer_CAF1 10437 117 + 1
GCUAGUGAAGCC---ACAGCGUCCGCUGAGCUCAACGGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGCAGGAUCUGCAGCAGUUUUUCCUUGACCUCCUCGAGGCUGUGCUGGCGGGCACUGU
(((.....))).---((((.(((((((.(((...(((((((((((((((.(((((((((...(((((...)))))...)))))))))))).))))))..)))))))))))))))).)))) ( -58.40)
>consensus
GCUAGUGAAGCC___ACAGCGUCCGCUGAGCACAACCGCCGGGGAGUCGGAGGAGGAGCAGAUGGAGGAUCUGCAGCAGUUCUUCCUUGACCUCCUCGAGGCCGUGCUGGCGGGCACUGU
(((.....))).....(((.(((((((.(((......(((.(((.((((.(((((((((...((.........))...)))))))))))))...)))..)))...)))))))))).))). (-20.27 = -22.92 +   2.64)

alignment

Postscript

secondary structure

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Window 7

Location 482,144 – 482,264
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.14
Mean single sequence MFE -53.82
Consensus MFE -20.79
Energy contribution -21.60
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -3.96
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 3.11
SVM RNA-class probability 0.998471
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 482144 120 + 27905053
AGUGCAGCUGAAAUCGCCGACCUCCCAACGUGCUGGCCUAGCUUCAGAUACCGUUUCCGGGUCGGAGCAGGUGUCCAGACACAUUGUAAGUGCGGCUGAUUUCAUUGCUAGUAACCUGGU
...((((.(((((((((((..((..(((.((((((((((.(((((.(((.(((....))))))))))))))...)))).))).)))..))..)))).)))))))))))............ ( -47.50)
>DroPse_CAF1 10277 114 + 1
AGAGCAGCUGAAAUCGCCGAGCACCCAACGUGCUGGCUCCGGUCCGAGCAC------CAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCCGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU
.((((...(((((((((((.((((.(((.((((((((.(((.(((((((..------..))))))).).)).).)).))))).))).)))).))).))))))))..)))).......... ( -59.60)
>DroGri_CAF1 6279 120 + 1
GGAGCAGCUGCAAUCGCCGCGCACACGACGCGCUGACGGCCUCUCGGAUGCGACCACCAGUUCCGAGCAGGUCUCCAAGCACAUUGUGUGCGCAGCGGAUUUCAUAGCGCGCAAUCUGGU
...((.((((.((((((.((((((((((.(.(((...(((((((((((.((........)))))))).)))))....))).).)))))))))).)).))))...))))..))........ ( -52.60)
>DroWil_CAF1 9042 114 + 1
GGAGCAAUUGAAAUCCCCAACCACACAACGUGCUGACGCAAG------UUCCGCAUCGACUUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUCUGUGCGGCGGAUUUCAUUGCCCGCAAUCUGGU
((.(((((.(((((((((...((.((((.((((((((((..(------(((((.(......)))))))..)))))..))))).)))).))...)).)))))))))))))).......... ( -46.80)
>DroAna_CAF1 11608 120 + 1
AGAGCAGCUAAAGUCUCCUACCACACUACGUGCUGGCGCCACUUCCGAUGCCGUUUCCGGGUCGGAACAGGUGUCCAGACACAUUGUGUGUGCGGCGGACUUUAUUGCUCGCAACCUGGU
.((((((.((((((((.(..((((((...(((((((((((..(((((((.(((....))))))))))..)))).)))).)))...))))).)..).)))))))))))))).......... ( -56.80)
>DroPer_CAF1 10554 114 + 1
AGAGCAGCUGAAAUCGCCGAGCACCCAACGUGCUGGCUCCGGUCCGAGCAC------CAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCCGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU
.((((...(((((((((((.((((.(((.((((((((.(((.(((((((..------..))))))).).)).).)).))))).))).)))).))).))))))))..)))).......... ( -59.60)
>consensus
AGAGCAGCUGAAAUCGCCGACCACACAACGUGCUGGCGCCGGUUCGGAUACCG__UCCAGCUCGGAGCAGGUGUCCAAGCACAUUGUGUGCGCGGCGGAUUUCAUAGCUCGCAAUCUGGU
...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((.((.............................)).)))..))))).))).)))..))).))))))))..))).))........ (-20.79 = -21.60 +   0.81)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 482,144 – 482,264
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.14
Mean single sequence MFE -57.03
Consensus MFE -28.98
Energy contribution -28.79
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -4.48
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 3.12
SVM RNA-class probability 0.998489
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 482144 120 - 27905053
ACCAGGUUACUAGCAAUGAAAUCAGCCGCACUUACAAUGUGUCUGGACACCUGCUCCGACCCGGAAACGGUAUCUGAAGCUAGGCCAGCACGUUGGGAGGUCGGCGAUUUCAGCUGCACU
............(((.(((((((.((((..((..(((((((.((((...(((((((.((.(((....)))..)).).))).))))))))))))))..))..)))))))))))..)))... ( -51.50)
>DroPse_CAF1 10277 114 - 1
ACCAGAUUGCGAGCUAUGAAAUCGGCCGCGCACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAGCUG------GUGCUCGGACCGGAGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU
..........((((..((((((((.(((.((((.(((((((((.((.(.((.(.(((((((..------..)))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))))))...)))). ( -63.10)
>DroGri_CAF1 6279 120 - 1
ACCAGAUUGCGCGCUAUGAAAUCCGCUGCGCACACAAUGUGCUUGGAGACCUGCUCGGAACUGGUGGUCGCAUCCGAGAGGCCGUCAGCGCGUCGUGUGCGCGGCGAUUGCAGCUGCUCC
........(((.(((....((((.(((((((((((.(((((((.(..(.(((.((((((....((....)).))))))))).)..)))))))).)))))))))))))))..))))))... ( -56.30)
>DroWil_CAF1 9042 114 - 1
ACCAGAUUGCGGGCAAUGAAAUCCGCCGCACAGACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAAGUCGAUGCGGAA------CUUGCGUCAGCACGUUGUGUGGUUGGGGAUUUCAAUUGCUCC
..........((((((((((((((.(((..((.(((((((((((((((....).)))))....((((((...------..)))))).))))))))).))..)))))))))).))))))). ( -49.70)
>DroAna_CAF1 11608 120 - 1
ACCAGGUUGCGAGCAAUAAAGUCCGCCGCACACACAAUGUGUCUGGACACCUGUUCCGACCCGGAAACGGCAUCGGAAGUGGCGCCAGCACGUAGUGUGGUAGGAGACUUUAGCUGCUCU
..........(((((.(((((((..((...(((((.(((((.((((.(.((..((((((.(((....)))..))))))..)).)))))))))).)))))...)).)))))))..))))). ( -58.50)
>DroPer_CAF1 10554 114 - 1
ACCAGAUUGCGAGCUAUGAAAUCGGCCGCGCACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAGCUG------GUGCUCGGACCGGAGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU
..........((((..((((((((.(((.((((.(((((((((.((.(.((.(.(((((((..------..)))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))))))...)))). ( -63.10)
>consensus
ACCAGAUUGCGAGCAAUGAAAUCCGCCGCACACACAAUGUGCUUGGACACCUGCUCCGAACUGGA__CGGUAUCCGAACCGGCGCCAGCACGUUGGGUGCUCGGCGAUUUCAGCUGCUCU
..........((((..(((((((.((((..(((.((((((((.(((......................................))))))))))).)))..)))))))))))...)))). (-28.98 = -28.79 +  -0.19)

alignment

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