Locus 71

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 477,247 – 477,367
Length 120
Max. P 0.605116
window125

overview

Window 5

Location 477,247 – 477,367
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.67
Mean single sequence MFE -45.30
Consensus MFE -25.65
Energy contribution -24.32
Covariance contribution -1.33
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.605116
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 477247 120 - 27905053
CGAGCGGAAGCACAAUCUUUCCUCCCAAUCCACAGGCGAGGCGAUCCAGCGAGGACUCGGCGAUCACGUUGUUGUCGCUGUGAUCGUCAUCAUCGACCACGUCGGCGGUGGACCAGUUCU
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>DroVir_CAF1 1009 120 - 1
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>DroPse_CAF1 4105 120 - 1
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>DroGri_CAF1 947 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 949 120 - 1
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>DroAna_CAF1 4538 120 - 1
CAUGGGGCAGGACGACCUUGCCGCCCAGACCGCAGGCGAGGCGAUCCAGCGAAGAUUCGGCGAUGACGUUGUUGUCGCUGUGGUCGUCGUCAUCCACCACAUCGGUGGUGGACCAGUCCU
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>consensus
CAUGGGGCAAAACCAUCUUGCCGCCCAGGCCGCAGGCCAAGCGAUCCAGCGAGGACUCGGCAAUCACAUUGUUGUCGCUGUGAUCAUCCUCAUCGACGACAUCGGCGGUCGACCAGUCCU
...(((((((.......))))).)).........((......((((((((((.....(((((((...))))))))))))).))))........(((((........))))).))...... (-25.65 = -24.32 +  -1.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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