Locus 706

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,503,477 – 2,503,575
Length 98
Max. P 0.983258
window1119

overview

Window 9

Location 2,503,477 – 2,503,575
Length 98
Sequences 5
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.22
Mean single sequence MFE -41.02
Consensus MFE -27.38
Energy contribution -30.30
Covariance contribution 2.92
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.94
SVM RNA-class probability 0.983258
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2503477 98 + 27905053
UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCGGUAAUAGGUGAGCUAUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACUGCGG
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>DroPse_CAF1 29027 89 + 1
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>DroSec_CAF1 33220 98 + 1
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.((((((..((((((((..(((((((((....))))))..)))..))))))))..))))))..(((((.(((..((((.....))))))).))))).. ( -46.00)
>DroSim_CAF1 30862 98 + 1
UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCAGUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACGGCGG
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>DroYak_CAF1 32284 89 + 1
UGCCUGUUG---------CUGUGUGCUGCUGGAGGCAUUUGCAUUGGCGGCACUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGUGCAACUGUGGCCACGGCGG
.(((.....---------(((((((((((..(..((....)).)..)))))))..))))(((.((((((((........)))))...))))))))).. ( -37.50)
>consensus
UGCCUGUUGCUGCUGUUGUUGUGUGUUGCUGGUGGCACUUGCAUUGGCGGCAGUGACAGGUGAGCUGUUGCUGGGUGGAGCAACUGUGGCCACGGCGG
.(((((((((((((((((.((((((((......)))))..))).))))))))))))))))).......((((((((.(........).))).))))). (-27.38 = -30.30 +   2.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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