Locus 705

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,503,154 – 2,503,250
Length 96
Max. P 0.838741
window1118

overview

Window 8

Location 2,503,154 – 2,503,250
Length 96
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.56
Mean single sequence MFE -44.22
Consensus MFE -25.56
Energy contribution -24.70
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.74
SVM RNA-class probability 0.838741
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2503154 96 + 27905053
GGAUUGUUGGCCAAGUUGCCCAGGUGUCCGUGGGGCA---GGCCGUGAUGCAUGUGGGCGUGCAUUCCUAGCGAGUCCAU---------GGCAUCUAGGGCAUAGCUG
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>DroPse_CAF1 28659 105 + 1
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>DroSim_CAF1 30539 96 + 1
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>DroEre_CAF1 32089 99 + 1
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>DroYak_CAF1 31961 96 + 1
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.....(((((((.....))))..((((((.((((...---.(((((((......((((........))))......))))---------))).)))))))))).))). ( -42.60)
>DroPer_CAF1 28831 105 + 1
GAGUUGGUGGCAAGAUUGGCCAAAUGGCCGUGGGCUA---AUCCAUGAUGCAUGUGCGCAUGCAUGCCCAGGGAGUCCAUCGUAAGGCUGGCAUCCAGGGCAUAGCCC
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>consensus
GAGUUGGUGGCCAAGUUGGCCAGGUGUCCGUGGGGCA___GGCCGUGAUGCAUGUGGGCGUGCAUACCCAGCGAGUCCAU_________GGCAUCCAGGGCAUAGCUG
........(((......((((...(((((...)))))...))))((((((((((....))))))).(((.(.((..((...........))..))).)))))).))). (-25.56 = -24.70 +  -0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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