| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,500,663 – 2,500,769 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.806027 |
| Location | 2,500,663 – 2,500,769 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 110 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.98 |
| Mean single sequence MFE | -40.45 |
| Consensus MFE | -27.51 |
| Energy contribution | -30.10 |
| Covariance contribution | 2.59 |
| Combinations/Pair | 1.18 |
| Mean z-score | -2.26 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.63 |
| SVM RNA-class probability | 0.806027 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2500663 106 + 27905053 CUCGUAUUUGGGCCUCGAGCUGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGG---CGAUCUGGGAUCUGGAAUCUGGGAUCUCGGAUCGGUUGCGU- ..((((((..(..(.((((((....)))))))..)..))))))(((((....((((...))))..---(((((((((((((.(....).)))))))))))))..)))))- ( -42.10) >DroSec_CAF1 30444 106 + 1 CUCGUAUUUGGGCCUCAAGCUGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGG---CGAUCUGGGAUCUGGAAUCUGGGAUCUCGGAUCGGUUGCGU- ........((.((((.((((((.......)))))).)))).))(((((....((((...))))..---(((((((((((((.(....).)))))))))))))..)))))- ( -38.00) >DroSim_CAF1 28106 106 + 1 CUCGUAUUUGGGCCUCGAGCUGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGG---CGAUCUGGGAUCUGGAAUCUGGGAUCUCGGAUCGGUUGCGU- ..((((((..(..(.((((((....)))))))..)..))))))(((((....((((...))))..---(((((((((((((.(....).)))))))))))))..)))))- ( -42.10) >DroEre_CAF1 29452 106 + 1 AUCGUAUUUGGGCCGCGAGCGGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGC---CGAUCUGGGAUCUCGGAUCUGGGAUCUCGGAUCGCUUGCGU- ..((((((..(..(.(((((......))))))..)..))))))(((((.((.((((...)))).)---)((((((((((((((....))))))))))))))...)))))- ( -47.20) >DroYak_CAF1 29484 89 + 1 --------------------GGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGGCGGCGAUCUGGGAUCUGAGAUCUCGGAUCUCGGAUCGGUUGCGU- --------------------.....((((((.((..(.(((...))).)..))....)))))).(((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))..- ( -35.20) >DroAna_CAF1 26293 101 + 1 AUUGUAUUUGGGUCUCGGA----GCGUUUCGUUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUCUCGGAUCUU---GGAUCGGGGAUCUGGGAUCUCAGAU--CGGGUCGGCUGCAUU .............((..((----(((...)))))..))(((((((.((....(((((.((((((.---.((((...))))..)))))).))))--)....))))))))). ( -38.10) >consensus CUCGUAUUUGGGCCUCGAGCUGUAAGGUUCGGUUUUGGGUGCGGCGCGUGGGGAUUUUGGAUCGG___CGAUCUGGGAUCUGGAAUCUGGGAUCUCGGAUCGGUUGCGU_ ..((((((..((...(((((......)))))..))..))))))((((.....((((...)))).....(((((((((((((........)))))))))))))...)))). (-27.51 = -30.10 + 2.59)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:49:49 2006