Locus 681

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	2,456,001 – 2,456,321
Length	320
Max. P	0.988293

overview

Window 6

Location	2,456,001 – 2,456,121
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.50
Mean single sequence MFE	-31.00
Consensus MFE	-29.46
Energy contribution	-29.78
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.522042
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2456001 120 + 27905053
CAACAACAAGUUCCUCACCAUGUACAGUACUUUGAUCAAGAGCUUCGCUGCCUCCACGGAGUUUUCCACCAACGAAGUGGUCAGCUUGCUGAUCGUGUUUUACAAGUACGCCCUGAACAA
.........((((.......(((((...((((((....(((((((((.((....))))))))))).......))))))((((((....))))))...........)))))....)))).. ( -26.40)
>DroSec_CAF1 14998 120 + 1
CAACAACAAGUUCCUCACCAUGUACAGUACUCUGAUCAAGAGCUUCGCUGCCUCCACGGAGUUUUCCACCAGCGAAGUGGUCAGCCUGCUGAUCGUGUUCUACAAGUACGCCCUGAACAA
.........((((...........(((((..((((((....(((((((((.(((....)))........)))))))))))))))..)))))...((((.(.....).))))...)))).. ( -33.20)
>DroSim_CAF1 11717 120 + 1
CAACAACAAGUUCCUCACCAUGUACAGUACUCUGAUCAAGAGCUUCGCUGCCUCCACGGAGUUUUCCACCAGCGAAGUGGUCAGCUUGCUGAUCGUGUUCUACAAGUACGCCCUGAACAA
.........((((...........(((((..((((((....(((((((((.(((....)))........)))))))))))))))..)))))...((((.(.....).))))...)))).. ( -33.20)
>DroEre_CAF1 15952 120 + 1
CAACAACAAGUUCCUCACCAUGUACAGUACUCUGAUCAAGAGCUUCGCUGCCUCCACGGAGUUUUCCACCAGCGAAGUGGUCAGCUUGCUGAUCGUGUUCUACAAAUACGCCCUCAACAA
....................(((.(((((..((((((....(((((((((.(((....)))........)))))))))))))))..)))))..((((((.....))))))......))). ( -31.20)
>consensus
CAACAACAAGUUCCUCACCAUGUACAGUACUCUGAUCAAGAGCUUCGCUGCCUCCACGGAGUUUUCCACCAGCGAAGUGGUCAGCUUGCUGAUCGUGUUCUACAAGUACGCCCUGAACAA
.........((((...........(((((..((((((....(((((((((.(((....)))........)))))))))))))))..)))))...((((.........))))...)))).. (-29.46 = -29.78 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,456,121 – 2,456,241
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.36
Mean single sequence MFE	-48.57
Consensus MFE	-47.67
Energy contribution	-48.68
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.22
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	2.00
SVM RNA-class probability	0.985271
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2456121 120 - 27905053
ACUGAUCGGCCAUCCUGCGUGAUAUUCAUCGAAAUCCGGUCGAUGAUGGUCACGUCGAAGAUCCCAAAGCUGACGAGGAAUAGAUUGUACAGCUGGCUGGUGGACAUCAUGCGGGACCUG
.......((...(((((((((((.(((((((....((((((..(((((....)))))..))))....(((((((((........)))).))))))).))))))).))))))))))))).. ( -44.00)
>DroSec_CAF1 15118 120 - 1
ACUGAUCGGCCGUCCUGCGUGAUGUUCAUCGAAAUGCGGUCGAUGAUGGUCACGUCGAAGAUCCCAAAGCUGACGAGGAAUAGAUUGUACAGCUGGCUGGUGGACAUCAUGCGGGAUCUG
......(((..((((((((((((((((((((...((.((((..(((((....)))))..)))).)).(((((((((........)))).)))))...))))))))))))))))))))))) ( -51.10)
>DroSim_CAF1 11837 120 - 1
ACUGAUCGGCCGUCCUGCGUGAUGUUCAUCGAAAUGCGGUCGAUGAUGGUCACGUCGAAGAUCCCAAAGCUGACGAGGAAUAGAUUGUACAGCUGGCUGGUGGACAUCAUGCGGGAUCUG
......(((..((((((((((((((((((((...((.((((..(((((....)))))..)))).)).(((((((((........)))).)))))...))))))))))))))))))))))) ( -51.10)
>DroEre_CAF1 16072 120 - 1
ACUGAUCGGCCGUCCUGCGUGAUAUUCAUCGAAAUGCGGUCGAUGAUGGUGACGUCGAAGAUCCCAAAGCUGACGAGGAAUAGAUUGUACAGCUGACUGGUGGACAUCAUGCGGGAUCUG
......(((..((((((((((((.(((((((...((.((((..(((((....)))))..)))).)).(((((((((........)))).)))))...))))))).))))))))))))))) ( -48.10)
>consensus
ACUGAUCGGCCGUCCUGCGUGAUAUUCAUCGAAAUGCGGUCGAUGAUGGUCACGUCGAAGAUCCCAAAGCUGACGAGGAAUAGAUUGUACAGCUGGCUGGUGGACAUCAUGCGGGAUCUG
......(((..((((((((((((((((((((...((.((((..(((((....)))))..)))).)).(((((((((........)))).)))))...))))))))))))))))))))))) (-47.67 = -48.68 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,456,161 – 2,456,281
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.78
Mean single sequence MFE	-42.43
Consensus MFE	-41.55
Energy contribution	-41.43
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.907124
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2456161 120 + 27905053
UUCCUCGUCAGCUUUGGGAUCUUCGACGUGACCAUCAUCGACCGGAUUUCGAUGAAUAUCACGCAGGAUGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUC
......((((.(.((((.....)))).)))))..(((((((.......)))))))....(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...... ( -40.20)
>DroSec_CAF1 15158 120 + 1
UUCCUCGUCAGCUUUGGGAUCUUCGACGUGACCAUCAUCGACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUC
......((((.(.((((.....)))).)))))..(((((((.......)))))))....(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...... ( -42.70)
>DroSim_CAF1 11877 120 + 1
UUCCUCGUCAGCUUUGGGAUCUUCGACGUGACCAUCAUCGACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUC
......((((.(.((((.....)))).)))))..(((((((.......)))))))....(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...... ( -42.70)
>DroEre_CAF1 16112 120 + 1
UUCCUCGUCAGCUUUGGGAUCUUCGACGUCACCAUCAUCGACCGCAUUUCGAUGAAUAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGCGUGUUCUUC
..............((((((.......))).)))(((((((.......)))))))....(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...... ( -44.10)
>consensus
UUCCUCGUCAGCUUUGGGAUCUUCGACGUGACCAUCAUCGACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUC
......((((.(.((((.....)))).)))))..(((((((.......)))))))....(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...... (-41.55 = -41.43 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	2,456,201 – 2,456,321
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.53
Mean single sequence MFE	-50.30
Consensus MFE	-48.60
Energy contribution	-48.48
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-3.53
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	2.11
SVM RNA-class probability	0.988293
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2456201 120 + 27905053
ACCGGAUUUCGAUGAAUAUCACGCAGGAUGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUCAACGGAAGUCUGCAGGAGCGAAUGAAGUUCGCAUUUGAGG
..(((((((((.((((...(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...)))).).))))))))((((.((((((...)))))).))))... ( -48.60)
>DroSec_CAF1 15198 120 + 1
ACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUCAACGGAAGUCUGCAGGAGCGAAUGAAGUUCGCAUUUGAGG
.((((((((((.((((...(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...)))).)))))...))).)).((((((...))))))........ ( -50.00)
>DroSim_CAF1 11917 120 + 1
ACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUCAACGGAAGUCUGCAGGAGCGAAUGAAGUUCGCAUUUGAGG
.((((((((((.((((...(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...)))).)))))...))).)).((((((...))))))........ ( -50.00)
>DroEre_CAF1 16152 120 + 1
ACCGCAUUUCGAUGAAUAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGCGUGUUCUUCACCGGAAAUCUGCAGGAGCGAAUAAAGUUCGCAUUCGAGG
.((((((((((.((((...(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...)))).)))))...))).(((((((((...)))))).)))..)) ( -52.60)
>consensus
ACCGCAUUUCGAUGAACAUCACGCAGGACGGCCGAUCAGUCUCUCCAGAAGCCUGGAUGCGGCUGUUCUGUGUGUUCUUCAACGGAAGUCUGCAGGAGCGAAUGAAGUUCGCAUUUGAGG
.((((((((((.((((...(((((((((((((((.........(((((....)))))..)))))))))))))))...)))).)))))...))).)).((((((...))))))........ (-48.60 = -48.48 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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