Locus 6524

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 17,202,643 – 17,202,762
Length 119
Max. P 0.768663
window10615

overview

Window 5

Location 17,202,643 – 17,202,762
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.44
Mean single sequence MFE -44.27
Consensus MFE -36.53
Energy contribution -35.87
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.768663
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17202643 119 - 27905053
-CGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGCUUGUGCUGGAACAACUUCAACACGAAUUUGUCGGCCGGCUUCCACGAGUCGCUAUGCCGCGGCGACCUGGUGGACGUCUCGCUGGCC
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>DroPse_CAF1 25080 120 - 1
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>DroGri_CAF1 24948 120 - 1
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>DroWil_CAF1 35624 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 37283 120 - 1
UCGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGCUGGAACAAUUUCAACACAAAUCUGUCUGCUGGGUUCCACGAAUCGCUAUGUCGUGGGGAUCUGGUGGAUGUUUCGUUGGCU
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>DroPer_CAF1 25619 120 - 1
ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGUUGGAACAACUUCAACACGAAUCUGUCUGCGGGGUUCCACGAGUCUCUAAUCCGUGGCGAUCUCGUGGACGUCUCAUUGGUG
.(((((........)))))..((((......((((((((((((.....))))))))))))..(((..((((((((((((.(........)))))).)))))))..)))).)))....... ( -47.40)
>consensus
ACGUCCAAGAUGGCGGACGACGAGCAAUUCAGUUUGUGCUGGAACAACUUCAACACAAAUCUGUCUGCUGGGUUCCACGAGUCGCUAUGCCGUGGCGAUCUGGUGGACGUCUCACUGGCC
.(((((........)))))....((......(((((((.((((.....)))).)))))))..(((((((((((((((((...........))))).)))))))))))).........)). (-36.53 = -35.87 +  -0.66)

alignment

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secondary structure

Postscript

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