Locus 6517

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 17,184,921 – 17,185,078
Length 157
Max. P 0.948493
window10601 window10602

overview

Window 1

Location 17,184,921 – 17,185,038
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.30
Mean single sequence MFE -25.32
Consensus MFE -16.59
Energy contribution -18.76
Covariance contribution 2.17
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.715836
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17184921 117 + 27905053
ACACUCUUACUAUUUAUAGCCGCUUAUUUUUAUCAUUUGUAGAAGGCUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUGUUUGGCUAGACAU
................((((((..(((............(((((((((((((((((((.......)))))))))).))))(((.....))).....))))))))..))))))..... ( -28.50)
>DroSec_CAF1 6403 116 + 1
ACACUC-UACUAUUUAUAGCCGCUUAUUUAUAUCACUUGUAAAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGACAU
.((.((-.(((......((((.....((((((.....)))))).))))((((((((((.......)))))))))).))).)).)).(((((.(((((....))))).)))))..... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 6808 116 + 1
ACACUC-UACUAUUUAUAGCCGCUUAUUUAUAUCACUUGUAAAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGAGAU
...(((-((.....................(((((.(((.....(.((((((((((((.......)))))))))))).)))).)))))(((.(((((....))))).)))))))).. ( -28.60)
>DroEre_CAF1 8279 115 + 1
ACACUC-UACUAUUUAUAGCCGCUCAUAUAUAUCACUUGUAGGAGUUUGUAGCUAUUUUAUCU-UAAUUGGUUACUAGUCGAUUUAUAGUCUACUAUUUUAGUAAUUGGCUACACAU
......-.........(((((((((...((((.....)))).))))..(((((((.((.....-.)).)))))))((((.(((.....))).))))...........)))))..... ( -21.50)
>DroYak_CAF1 8109 101 + 1
ACACUC-UACUAUUUAUAGCCGCUUAUUUAUAUCACUUGUGGGAGUUUGUAGCUACU---------------UACAAGUCGAUUUAUAGUCUACUAUUCUAGUAUUUCGCUACAGAU
......-(((((...((((..(((....((.(((((((((((((((.....))).))---------------))))))).))).)).)))...))))..)))))............. ( -19.80)
>consensus
ACACUC_UACUAUUUAUAGCCGCUUAUUUAUAUCACUUGUAGAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGACAU
........((((((.....(.((((.((((((.....)))))).....((((((((((.......)))))))))))))).)...)))))).......((((((.....))))))... (-16.59 = -18.76 +   2.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 17,184,958 – 17,185,078
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.49
Mean single sequence MFE -33.88
Consensus MFE -25.92
Energy contribution -28.28
Covariance contribution 2.36
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948493
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 17184958 120 + 27905053
UGUAGAAGGCUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUGUUUGGCUAGACAUCCCUUUUGUGGUCAAGAAGGGUUGAUUGGUAGCAAGGUGG
..(((((((((((((((((((.......)))))))))).))))(((.....))).....))))).(((...(((((.((.(((((((.......))))))).)).))))).)))...... ( -37.30)
>DroSec_CAF1 6439 120 + 1
UGUAAAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGACAUUUCUUUUGUGGUCAAGAAGGGUUGAUUGGUAGCGAGGUGG
.........((((.(((((((.((((((...((((((((((..((.((.(((((.(((((....))))).)))))..)).))..))))))))))..)))))).))))))).))))..... ( -37.70)
>DroSim_CAF1 6844 120 + 1
UGUAAAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGAGAUUCCUUUUGUGGUCAAGAAGGGUUGAUUGGUAGCGAGGUGG
.........((((.(((((((.((((((...((((((((((..((((..(((((.(((((....))))).)))))..))))...))))))))))..)))))).))))))).))))..... ( -39.20)
>DroEre_CAF1 8315 119 + 1
UGUAGGAGUUUGUAGCUAUUUUAUCU-UAAUUGGUUACUAGUCGAUUUAUAGUCUACUAUUUUAGUAAUUGGCUACACAUCCUUUUUGUGGUCAAGAAGGGUUGAGUGGCAGCGAGGUGG
......(.(((((.(((((((.((((-(..((((....(((((((((.((((....))))......)))))))))((((.......)))).))))..))))).))))))).))))).).. ( -29.80)
>DroYak_CAF1 8145 105 + 1
UGUGGGAGUUUGUAGCUACU---------------UACAAGUCGAUUUAUAGUCUACUAUUCUAGUAUUUCGCUACAGAUCCUUUUCGUGGACAAGGAGGGUUCCAUAGCAGCAAGGUGG
((((((((((((((((((((---------------....(((.(((.....))).))).....))))....)))))))))((((((.(....).)))))).)))))))............ ( -25.40)
>consensus
UGUAGAAGGUUGUAGCUAGUUUGCCUUUAACUGGCUACAAGUCGAUUGAUAGUCUAAUAUUCUAGUAUUUGGCUAGACAUCCCUUUUGUGGUCAAGAAGGGUUGAUUGGUAGCGAGGUGG
.........((((.(((((((.((((((...((((((((((..(((...(((((.(((((....))))).)))))...)))...))))))))))..)))))).))))))).))))..... (-25.92 = -28.28 +   2.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:23:17 2006