Locus 634

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,334,366 – 2,334,465
Length 99
Max. P 0.986500
window1007

overview

Window 7

Location 2,334,366 – 2,334,465
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.34
Mean single sequence MFE -31.57
Consensus MFE -18.76
Energy contribution -18.07
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 2.04
SVM RNA-class probability 0.986500
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2334366 99 - 27905053
--------GUC--------AGGAUACCUCAACUAUUAGGCUUAAACGGUUGUUU--GUGGUC-UCGGCGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGCCCAAUCGGGAG--
--------...--------.......(((.......((((((((((....))))--).))))-).((((.(((((((((..(((......)))..))))))))))))).....)))..-- ( -26.30)
>DroVir_CAF1 106934 118 - 1
AAGAUGCUGCUGCUGCAGAGAACUACCUCAACAAUUAAGCUAAAACGGUUCUCU--GUGGUUUUCGGUGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGCCUAAUAGAGCUCG
..((.(((.((((..(((((((((......................))))))))--)..))....((((.(((((((((..(((......)))..)))))))))))))....))))))). ( -37.75)
>DroGri_CAF1 112745 109 - 1
A------AGAU---GCAGAGAACUACCUCAACAAUUAAGCUAAAAUGGUUCUCU--GUGGUUUUCGGUGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGCCUAAUAGGGCACA
.------....---(((((((((((....................)))))))))--)).(((((.((((.(((((((((..(((......)))..)))))))))))))....)))))... ( -30.55)
>DroWil_CAF1 106354 98 - 1
---------CU--------AAACUACCUCAACUAUUAGGCUAAAAUGUGUGCUU--GUGGUU-UUGGUGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGCCUAAUAGAGAG--
---------..--------.......(((..(((((((((......((..((((--((((((-..(....)...))))))))))...)).(((((.....)))))))))))))).)))-- ( -30.20)
>DroMoj_CAF1 120104 112 - 1
-------AGUUG-GGAUGGGAGCCACCUCAACAAUUAAGCUAAAACGAUUCUUUGUGUGGUUUACGUUGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGUGCCUAAUAGAGCUUU
-------.((((-((.((((......)))).(((((((((((..((((....)))).))))))).))))((((((((((..(((......)))..)))))))))).))))))........ ( -28.00)
>DroAna_CAF1 41742 99 - 1
--------CUC--------GGGCCACCUCAACUAUUAGGCUUAAACGGUUGUUU--GUGGUU-UCGGCGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGUCGAGCUGAGAG--
--------(((--------(((((((..((((..((.......))..))))...--)))))(-((((((.(((((((((..(((......)))..)))))))))))))))))))))..-- ( -36.60)
>consensus
________GUU________GAACUACCUCAACAAUUAAGCUAAAACGGUUCUUU__GUGGUU_UCGGUGACCGUAAUUAUAAGUUAAGCUGCUAUUAAUUAUGGCGCCUAAUAGAGAG__
..........................(((........(((((....((....))...)))))...((((.(((((((((..(((......)))..))))))))))))).....))).... (-18.76 = -18.07 +  -0.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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