Locus 6321

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 16,515,831 – 16,515,939
Length 108
Max. P 0.593949
window10312

overview

Window 2

Location 16,515,831 – 16,515,939
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.17
Mean single sequence MFE -44.00
Consensus MFE -31.48
Energy contribution -31.37
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593949
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 16515831 108 - 27905053
CUGCACCA------UUCUGAGAUGAGCAACGACCC------CAGGUGACGAUCGUUUGGGCCCAGCUCGAGCUCGCAAAGCAGCUUGGGCGGGUUACGCAAGACGAGCCUCAAGGUGCCC
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>DroVir_CAF1 89473 114 - 1
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>DroGri_CAF1 108841 120 - 1
CUGCAUCAUUCACACUCGGAUCUGGGGAAUGAGGCGAUGAGCAGAUGACGUUCGUUUGGGCCCAGCUCGAGCUCGCAGAGCAGCUUGGGCGGGUUGCGCAAGACAAGCCUCAAGGUGCCC
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>DroWil_CAF1 79722 108 - 1
CUGCAUCA------UUCGGAGAUGAGCAACGAUCC------CAGAUGACGUUCGUUUGGGCCCAGCUCAAGCUCGCAGAGCAGCUUGGGUGGGUUACGCAAGACGAGCCUUAAAGUGCCC
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>DroMoj_CAF1 73926 114 - 1
CUGCAUCCGUCACAUUCUGAGCUGGGCAACGAGUC------CAGAUGACGCUCGUUUGGGCCCAGCUCAAGCUCACAGAGCAGCUUGGGCGGGUUGCGUAAGACGAGCCUGAAGGUGCCC
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>DroAna_CAF1 69361 108 - 1
CUACACCA------CUCUGAGAUGAGCAACGAUCC------UAGGUGACGUUCGUUCGGGCCCAGCUCGAGCUCUCAGAGUAGCUUGGGUGGGUUACGGAAGACGAGUCUAAAGGUUCCC
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>consensus
CUGCAUCA______CUCGGAGAUGAGCAACGAGCC______CAGAUGACGUUCGUUUGGGCCCAGCUCAAGCUCGCAGAGCAGCUUGGGCGGGUUACGCAAGACGAGCCUCAAGGUGCCC
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alignment

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