Locus 611

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,265,588 – 2,265,718
Length 130
Max. P 0.942769
window970 window971

overview

Window 0

Location 2,265,588 – 2,265,691
Length 103
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.00
Mean single sequence MFE -40.53
Consensus MFE -18.97
Energy contribution -21.08
Covariance contribution 2.11
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 1.33
SVM RNA-class probability 0.942769
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2265588 103 - 27905053
---GCCAUUGGAGGCGGAGGUGGUAUUGGUGGCAGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUCGUUGCGUCGCCA------UCGCUUUCCGUGCUGCUUUCCAUGUCCAAGCUG
---((.((.(((((((..(((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...)))..)))).------.))))))).)))).((((.........)))).. ( -45.60)
>DroVir_CAF1 2771 103 - 1
---CCCAUUCGACGUGGACGUGGUG------GCCGUGGUGGUGUUGCCGCCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCCUCACCGUCGCUCUCCGUACUGCUGUCCAUGUCCAGACUG
---.......((((((((((..(((------((.(((((((.....))))))).)))...((..((..((.......))..))...))..))..).)))))))))....... ( -41.50)
>DroGri_CAF1 2321 109 - 1
---UCCAUUCGAUGUUGAGGUGGUGUUUGUGGUGGUUGUGGUGUUGCCACCAUUACCAUUAUUCACCUCGCCAUCGCCGUCGCUGUCCGUGCUGCUGUCCAUGUCCAGACUG
---......(((((.((((((((.....((((((((.((((((....)))))).)))))))))))))))).)))))......(((..((((........))))..))).... ( -40.60)
>DroEre_CAF1 2243 103 - 1
---ACCAUUUGAGGCUGAGGUGGUAUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCA------UCGCUCUCUGUGCUGCUCUCCAUGUCCAGGCUG
---.......(((((.((((((..((..(((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))).------))((...(((..(..........)..))))).. ( -46.80)
>DroWil_CAF1 1806 106 - 1
ACCACCAUUUGAGGUGGAUGUGGUGUUGGUGGUUGUGGUGGUAUUACCGCCAUUUCCAGUUGUGGCAUCGCCA------UCACUAUCCGAUGUGCUGUCCAUGUCAAGACUU
.......(((((.(((((((..(..((((.((..(((((((.....)))))))..))(((.(((((...))))------).)))..))))..)..))))))).))))).... ( -41.70)
>DroMoj_CAF1 2545 109 - 1
---CCCAUUCGAAGCGGACGUGGUGUUGGUCGCUGUGGUGGUGUUUCCGCAAUUUCCAUUGUUCACCUCCCCAUCCGCAUCGCUUUCCGUGCUGCUAUCCAUAUUCAGAUUG
---..........(((((.(((((((.((....((.((.((((.....(((((....))))).)))).)).)).)))))))))..)))))...................... ( -27.00)
>consensus
___ACCAUUCGAGGCGGAGGUGGUGUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCCA______UCGCUCUCCGUGCUGCUGUCCAUGUCCAGACUG
..........((.(.(((((.((((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...)))).)............((..........)).)))).).))....... (-18.97 = -21.08 +   2.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,265,622 – 2,265,718
Length 96
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.53
Mean single sequence MFE -38.15
Consensus MFE -17.84
Energy contribution -19.53
Covariance contribution 1.70
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 1.20
SVM RNA-class probability 0.929615
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2265622 96 - 27905053
GUCGGACCAAACUUUCCUAGUCAUCGG------GCCAUUGGAGGCGGAGGUGGUAUUGGUGGCAGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUCGUUGCGUCGCC
(.((.((((((((..(((.(((..(((------....)))..)))..))).))).)))))(((((((((((.....)))))))))))........)).)... ( -38.20)
>DroVir_CAF1 2811 90 - 1
GUCCGACCACACCUUGCGCGUCAUUGG------CCCAUUCGACGUGGACGUGGUG------GCCGUGGUGGUGUUGCCGCCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC
...(((((((((..(.((((((.....------.......)))))).).)))(((------((.(((((((.....))))))).)))))))))))....... ( -38.20)
>DroGri_CAF1 2361 96 - 1
GUCCGACCACACCUUACGCGUCAUUGG------UCCAUUCGAUGUUGAGGUGGUGUUUGUGGUGGUUGUGGUGUUGCCACCAUUACCAUUAUUCACCUCGCC
...(((....((((((.(((((.....------.......)))))))))))((((...((((((((.((((((....)))))).)))))))).))))))).. ( -34.20)
>DroEre_CAF1 2277 96 - 1
GUCGGACCAAACUUUCCUAGUCAUAGG------ACCAUUUGAGGCUGAGGUGGUAUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC
.......((((...(((((....))))------)...)))).(((.((((((..((..(((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))) ( -47.80)
>DroWil_CAF1 1840 102 - 1
AUCGGACCAUACUUUUCGUGUCAUGGGUCCACCACCAUUUGAGGUGGAUGUGGUGUUGGUGGUUGUGGUGGUAUUACCGCCAUUUCCAGUUGUGGCAUCGCC
...(((((((((.....))))....))))).(((((......)))))..(((((((((.(((..(((((((.....)))))))..))).)...)))))))). ( -42.40)
>DroMoj_CAF1 2585 96 - 1
AUCCGACCACACUUUGCGCGUCAUUGG------CCCAUUCGAAGCGGACGUGGUGUUGGUCGCUGUGGUGGUGUUUCCGCAAUUUCCAUUGUUCACCUCCCC
...(((((((((....((((((.((((------.....))))....))))))))).))))))....((.((((.....(((((....))))).)))).)).. ( -28.10)
>consensus
GUCCGACCACACUUUCCGCGUCAUUGG______ACCAUUCGAGGCGGAGGUGGUGUUGGUGGCGGUGGUGGUAUUGCCACCAUUGCCAUUGGUCGCCUCGCC
....(((............)))...........................(.((((..((((((.(((((((.....))))))).))))))...)))).)... (-17.84 = -19.53 +   1.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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