Locus 5457

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,420,983 – 14,421,091
Length 108
Max. P 0.576367
window8880

overview

Window 0

Location 14,420,983 – 14,421,091
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.93
Mean single sequence MFE -41.70
Consensus MFE -31.22
Energy contribution -32.25
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.576367
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14420983 108 - 27905053
UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCAUAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCGCAAUU
..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.80)
>DroPse_CAF1 223839 108 - 1
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(((((.....)))))(((((..(((((.(((((((((.(((.((((((........)))).))))).))))))..((....))))).)))))..)))))......... ( -41.70)
>DroSec_CAF1 199399 108 - 1
UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCUCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAACAGUCGCAUUCCCAGUCGCAAUU
..............(((.(((((((((((..(((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......)..)))))))))))...)))...... ( -37.90)
>DroEre_CAF1 208043 108 - 1
CUCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU
..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.70)
>DroYak_CAF1 207140 108 - 1
UGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU
..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... ( -42.70)
>DroPer_CAF1 233283 108 - 1
CGCGCUGUAUGUGCGUCCGGAUGCGGCCGCUGGUCAACAGGUGCUGCACAUUCCACUGCACGCCCUCUUGGCCCAUGUAAACGAGCAGUCGCUGUCGGAGUCCCAAUC
(((((.....)))))(((((..(((((.(((((((((.(((.((((((........)))).))))).))))))..((....))))).)))))..)))))......... ( -42.40)
>consensus
CGCCCUCUACGUAAGACCGGAUGCGACUGCUGGCCAACAGGUGCUGCACAUCCCGCUGCGCGCACUCAUGGCCCACGUCCAAGAGCAGUCGCACUCCCAGUCACAAUU
..............(((.((((((((((((((((((...(((((((((........)))).)))))..)))))..(......))))))))))).)))..)))...... (-31.22 = -32.25 +   1.03)

alignment

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