Locus 5361

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 14,077,442 – 14,077,562
Length 120
Max. P 0.847849
window8737

overview

Window 7

Location 14,077,442 – 14,077,562
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.06
Mean single sequence MFE -46.00
Consensus MFE -26.96
Energy contribution -26.13
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.63
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.847849
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 14077442 120 + 27905053
CUUUGUAGACGGUGUUAUGCGGACCAGGCACCAUCAGCUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGGUGGGCCAAAACCUCGCUGUAUUUCAUGUACGUUAACUUGUGCUUGGUGACCGCCGUUU
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>DroVir_CAF1 159 120 + 1
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>DroPse_CAF1 3493 120 + 1
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>DroGri_CAF1 159 120 + 1
CCUUGUAGACGGUGUUGUGCAUGGUAGGCGCCAUCAGUUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGGUGGGCCAGCACUUCACUGUAUUUCAUAUAGGCCAAUUUGUGUUUGCCAACUGCUGUCU
......(((((((((((.(((.....(((.((((((((((((((......))))).))))))))))))(((((....((((((...))))))........)))))))))))).))))))) ( -47.10)
>DroMoj_CAF1 159 120 + 1
CUUUGUAGACUGUGUUGUGCAUGGUAGGCGCCAUCAGCUCCUCAGGCAGAUGCGGCAGUUGAUGGGCCAGCACUUCGCUGUAUUUCAUAAAGGCUAGUUUGUAUUUGCUAACAGCCGUCU
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>DroAna_CAF1 162 120 + 1
CCUUGUAUACUGUAUUAUGCGGGCUUGGGACCAUCAGCUCCUCUGGAAGGUGGGGCAGUUGAUGUGCGAGCACCUCGCUGUACUUCAUAUAAGUGAGCUUGUGACUGGUCACCGCUGUUU
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>consensus
CCUUGUAGACGGUGUUGUGCAGGCUAGGCACCAUCAGCUCCUCGGGCAGAUGGGGCAGCUGAUGGGCCAGCACCUCGCUGUACUUCAUAUAGGCUAGCUUGUGCUUGCUCACCGCCGUCU
.....................(((((((((((((((((((((((......))))).))))))))((((.......................)))).....)))))))))).......... (-26.96 = -26.13 +  -0.83)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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