Locus 5207

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,636,325 – 13,636,445
Length	120
Max. P	0.790186

overview

Window 5

Location	13,636,325 – 13,636,445
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.83
Mean single sequence MFE	-41.77
Consensus MFE	-22.70
Energy contribution	-24.04
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-1.64
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.554412
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13636325 120 + 27905053
CCUUCGACAUUCCCAAUGCCAGCACUGUGUACGUGUAGUUGUGCCAAUCGAUGGCCAGCUUGGUUCGUGUGACCGCACAGUACAGAUAGCACACAAUCAGCGUGGGAAUGCCGGGCGGAU
((((((.((((((((.(((..(.(((((((......(((((.((((.....))))))))).((((.....))))))))))).).(((........))).))))))))))).)))).)).. ( -43.90)
>DroVir_CAF1 3042 120 + 1
CGCCGGCCAUACCCAGCGCCAGCACCGUGUAGGUGUAGUUGUGCCAGUCGAUGACUAGCUUGGUGCGCGUCAAGGCGCAAUAAAAAUAGCAGACGACCAGUGUGGGUAUGCCGGGUGGAU
..(((((.((((((((((((((((((.....)))))......((.((((...)))).)).))))))((((....))))........................))))))))))))...... ( -50.00)
>DroGri_CAF1 2725 120 + 1
CACCGGCCAUGCCCAUCGCCAGAACCGUAUAGCUGUAGUUGUGCCAAUCGAUGGCGAGCUUGGUGCGCGUUACUGCGCAAUACAAAUAGCACACGAUGAGCGUGGGAAUGCCGGGCGGAU
..(((((....((((.(((((....(((...(((((.(((.(((((.....))))))))(((.((((((....))))))...))))))))..))).)).)))))))...)))))...... ( -46.10)
>DroWil_CAF1 2093 120 + 1
CCCCCGCCAUGCCGAGGGCCAGCACUGUAAACGUAUAAUUGUGCCAAUCAAUGACCAAUUUGCAUCUGGUCACGGCACAAUAUAAAUAGCAAACAAUCAAAGUGGGUAUGCCCGGAGGAU
...((.((.(((((..((((((...((((((......((((.......))))......)))))).)))))).)))))..........................(((....))))).)).. ( -33.00)
>DroMoj_CAF1 2704 120 + 1
CUCCGGCCAUGCCCAACGCCAAGAUAGUGUAGGUGUAAUUAUGCCAAUCGAUGGCUAGCUUAGUUCGCGUCAAGGCGCAGUAUAAAUAGCAAACAAUCAACGUGGGUAUGCCGGGGGGGU
(((((((.(((((((..((((.(((.((((((......))))))..)))..))))..(((.....(((((....)))).).......)))............)))))))))))))).... ( -42.30)
>DroAna_CAF1 1224 120 + 1
CCCCGGACAUUCCCAAUGCCAAAACAGUGUAGGUGUAGUUGUGCCAAUCAAUAACAAACUUGGUUCGUGUCAGAGUGCAAUAGAGGUAACAAACGAUUAGCGUGGGAAUGCCCGGCGGAU
((((((.((((((((.(((..........(((((...(((((........)))))..)))))..((((.......(((.......)))....))))...))))))))))).)))).)).. ( -35.30)
>consensus
CCCCGGCCAUGCCCAACGCCAGCACAGUGUAGGUGUAGUUGUGCCAAUCGAUGACCAGCUUGGUUCGCGUCACGGCGCAAUACAAAUAGCAAACAAUCAGCGUGGGAAUGCCGGGCGGAU
.(((((.((((((((.(((........(((...((((.((((((....((...(((.....)))...)).....))))))))))....)))........))))))))))))))))..... (-22.70 = -24.04 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	13,636,325 – 13,636,445
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.83
Mean single sequence MFE	-42.63
Consensus MFE	-17.87
Energy contribution	-17.93
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.790186
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13636325 120 - 27905053
AUCCGCCCGGCAUUCCCACGCUGAUUGUGUGCUAUCUGUACUGUGCGGUCACACGAACCAAGCUGGCCAUCGAUUGGCACAACUACACGUACACAGUGCUGGCAUUGGGAAUGUCGAAGG
..((...((((((((((((((.....))))((((...((((((((.((((....).))).((.((((((.....)))).)).)).......))))))))))))...))))))))))..)) ( -46.20)
>DroVir_CAF1 3042 120 - 1
AUCCACCCGGCAUACCCACACUGGUCGUCUGCUAUUUUUAUUGCGCCUUGACGCGCACCAAGCUAGUCAUCGACUGGCACAACUACACCUACACGGUGCUGGCGCUGGGUAUGGCCGGCG
......((((((((((((.....((((..(((..........)))...))))((((.....(((((((...)))))))....(..((((.....))))..)))))))))))).))))).. ( -47.30)
>DroGri_CAF1 2725 120 - 1
AUCCGCCCGGCAUUCCCACGCUCAUCGUGUGCUAUUUGUAUUGCGCAGUAACGCGCACCAAGCUCGCCAUCGAUUGGCACAACUACAGCUAUACGGUUCUGGCGAUGGGCAUGGCCGGUG
......(((((...((((((((.((((((((((..((((..(((((......)))))........((((.....))))))))....))).)))))))...)))).))))....))))).. ( -46.90)
>DroWil_CAF1 2093 120 - 1
AUCCUCCGGGCAUACCCACUUUGAUUGUUUGCUAUUUAUAUUGUGCCGUGACCAGAUGCAAAUUGGUCAUUGAUUGGCACAAUUAUACGUUUACAGUGCUGGCCCUCGGCAUGGCGGGGG
..((((((((....)))......(((((..(((((....((((((((((((((((.......)))))))).....)))))))).))).))..)))))(((((((...))).))))))))) ( -41.90)
>DroMoj_CAF1 2704 120 - 1
ACCCCCCCGGCAUACCCACGUUGAUUGUUUGCUAUUUAUACUGCGCCUUGACGCGAACUAAGCUAGCCAUCGAUUGGCAUAAUUACACCUACACUAUCUUGGCGUUGGGCAUGGCCGGAG
......(((((...((((.((..((((...((((((((...((((......))))...)))).))))...))))..))......((.((...........)).))))))....))))).. ( -34.20)
>DroAna_CAF1 1224 120 - 1
AUCCGCCGGGCAUUCCCACGCUAAUCGUUUGUUACCUCUAUUGCACUCUGACACGAACCAAGUUUGUUAUUGAUUGGCACAACUACACCUACACUGUUUUGGCAUUGGGAAUGUCCGGGG
..((.(((((((((((((.(((((((((((((..........)))....)))((((((...))))))....))))))).(((..(((.......))).)))....))))))))))))))) ( -39.30)
>consensus
AUCCGCCCGGCAUACCCACGCUGAUCGUUUGCUAUUUAUAUUGCGCCGUGACGCGAACCAAGCUAGCCAUCGAUUGGCACAACUACACCUACACAGUGCUGGCGUUGGGCAUGGCCGGGG
.....((.(.(((.((((.((((((((...((((.((....((((......)))).....)).))))...)))))))).................((....))..)))).))).).)).. (-17.87 = -17.93 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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