| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,516,733 – 13,516,853 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.683433 |
| Location | 13,516,733 – 13,516,853 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.06 |
| Mean single sequence MFE | -44.88 |
| Consensus MFE | -26.18 |
| Energy contribution | -27.02 |
| Covariance contribution | 0.84 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.31 |
| SVM RNA-class probability | 0.683433 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 13516733 120 + 27905053 CUGUCCAUGAGCACUCGGGCAUACGGCCCAGUGCAGCAGGCCGUCGAUCAAGGGGCGGGCAAUUAGCUCAUCGUAGCGCGACAGCUCCAAGUGUCCAGCAAUGUUGGCCAUGGCAACAAG .((.((((..(((((.((((.....)))))))))....(((((.((.....(((((((((.....)))).(((.....)))..)))))..((.....))..)).)))))))))))..... ( -45.60) >DroVir_CAF1 5056 120 + 1 UUGGCCAUGCGCACUGGGACACACCGCCCAGUGUAGUAAUCCGUCAAUAAGCGGACGCGCAAUUAAUUCAUCAUAACGAGAAAGUUCCAAAUGCCCAGCUAUAUUAGCCAUGGCCACGAG .((((((((.((((((((........))))))(((((..(((((......))))).(.(((.((((((..((.....))...))))..)).))).).)))))....)))))))))).... ( -37.30) >DroGri_CAF1 3607 120 + 1 CUGGCCGUGCGCACUGGGACAGACCGCCCAGUGGAGCAGGCCAUCGAUGAGUGGACGGGCAAUCAAUUCAUCGUAGCGUGACAGCUCUAAAUGUCCAGCGAUAUUCGCCAUGGCCACCAG .(((((((((.(((((((........)))))))..)).(((...((((((((.((.......)).))))))))..((..((((........))))..)).......)))))))))).... ( -45.90) >DroWil_CAF1 8146 120 + 1 UUGGCCAUGGGCGCUGGGACAGACAGCCCAAUGGAGCAGACCAUCGAUCAAGGGUCGCGCUAUCAAUUCAUCAUAUCGUGACAGCUCCAGAUGGCCAGCUAUAUUGGCCAUGGCCACCAG .(((((.(((((.(((...)))...))))).((((((...((.........))((((((.(((.........))).)))))).)))))).((((((((.....))))))))))))).... ( -49.70) >DroMoj_CAF1 4896 120 + 1 CUGGCCAUGCGCACUGGGGCACACAGCCCAGUGCAGCAAUCCAUCGAUUAGCGGGCGUGCAAUUAGCUCAUCAUAGCGGGAGAGCUCCAGAUGUCCGGCUAUGUUUGCCAUUGCCACGAG ...(((.(((((((((((........))))))))...((((....)))).))))))(((((((..((....((((((.(((.(........).))).))))))...)).)))).)))... ( -47.10) >DroAna_CAF1 14384 120 + 1 CUGGCCGUGGGCACUGGGACACACCGCCCAAUGCAGUAGUCCAUCGAUAAGCGGACGUGCAAUGAGUUCAUCGUAGCGUGACAGCUCCAAGUGCCCAGCUAUGUUAGCCAUGGCCACUAA .((((((((((((((((..(.(((.((....((((...((((..........)))).))))((((.....)))).)))))...)..)).))))))).((((...)))).))))))).... ( -43.70) >consensus CUGGCCAUGCGCACUGGGACACACCGCCCAGUGCAGCAGUCCAUCGAUAAGCGGACGCGCAAUUAAUUCAUCAUAGCGUGACAGCUCCAAAUGUCCAGCUAUAUUAGCCAUGGCCACCAG .((((((((.((((((((........)))))))).((.((((..........))))............(((...(((......)))....)))....)).........)))))))).... (-26.18 = -27.02 + 0.84)
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