Locus 5128

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,500,780 – 13,500,878
Length	98
Max. P	0.926010

overview

Window 8

Location	13,500,780 – 13,500,878
Length	98
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.69
Mean single sequence MFE	-40.83
Consensus MFE	-26.32
Energy contribution	-26.82
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.79
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.889040
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13500780 98 + 27905053
GGGCA---AAAGUAAUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGGGUGAGCUUGUCGUUGCACUCCCGCAGCUGCAGGUUCUGUUUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCG--
((((.---...))..(((((.....))))))).(((((..((((((((.(((((......))))).)))))))).......(((((....)))))))))).-- ( -37.10)
>DroVir_CAF1 1882 103 + 1
AUUCAACUCUGCCGCUUACCGUCUUUGUGACCAGCUGCGUAAGCUCAUCGUUGCGCUUGCGCAGCUUUAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC
........(((((((..((((((.....))).((((((((((((.((....)).))))))))))))...)))...))..(.(((((....))))).)))))). ( -47.40)
>DroGri_CAF1 1980 100 + 1
AGAUC---GUUUGGCUUACCGUCUUUGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUGCGCUUGCGCAGCUUUAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGACAGC
.....---.........((((((.....))).(((((((..(((.((....)).)))..)))))))...))).((((.((.(((((....))))).)))))). ( -40.60)
>DroEre_CAF1 1462 98 + 1
AGGCA---AAAGCACUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGGGUGAGCUUGUCGUUGCACUCCCGCAGCUGCAGGUUCUGUUUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCA--
..(((---(..(((((((((..((.(....).))...))))))..)))..))))....(((.(((.(((((..((((....))))..))))).))))))..-- ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 1955 100 + 1
AGGCG---GUCGAGCUUACCGUUUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUUCGCUUGCGCAGCUUCAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC
..((.---((((((((((((.....)))))..(((((((..(((..........)))..))))))).((((..((((....))))..))))..))))))).)) ( -46.10)
>DroAna_CAF1 1785 98 + 1
AGUUA---AUAG--CUUACAGUCUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUUGUCGUUGCACUCGCGCAACUGCAGGUUCUGUUUUUGCAGCUCCUUCUGCUCGGCUAC
.....---.(((--((..(((....((.....(((((((.((((((((.(((((......))))).))))))))......)))))))))..)))...))))). ( -34.50)
>consensus
AGGCA___AUAGCGCUUACCGUCUUGGUGACCAGCUGCGUGAGCUCAUCGUUGCACUCGCGCAGCUGCAGGUUCUGUGUGUGCAGCUCCUGCUGCUCGGCAGC
....................(((.....(((((((((((((((............)))))))))))...))))......(.(((((....))))).))))... (-26.32 = -26.82 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	13,500,780 – 13,500,878
Length	98
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.69
Mean single sequence MFE	-36.72
Consensus MFE	-27.68
Energy contribution	-27.98
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.926010
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13500780 98 - 27905053
--CGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGCAGCUGCGGGAGUGCAACGACAAGCUCACCCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAUUACUUU---UGCCC
--....((.((((.(.(((((((...........))))))).)(((.(.((........)).).))).)))).))........(((((......)---)))). ( -34.30)
>DroVir_CAF1 1882 103 - 1
GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUAAAGCUGCGCAAGCGCAACGAUGAGCUUACGCAGCUGGUCACAAAGACGGUAAGCGGCAGAGUUGAAU
.((((((.(((((....))))).........(((...(((((((.((((.((....)).)))).))))))).(((.....))))))...))))))........ ( -43.40)
>DroGri_CAF1 1980 100 - 1
GCUGUCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUAAAGCUGCGCAAGCGCAACGAUGAGCUCACGCAGCUGGUCACAAAGACGGUAAGCCAAAC---GAUCU
((((((..(((((....))))).......((.((...(((((((..(((.((....)).)))..))))))))))).....)))))).........---..... ( -35.70)
>DroEre_CAF1 1462 98 - 1
--UGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGCAGCUGCGGGAGUGCAACGACAAGCUCACCCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAGUGCUUU---UGCCU
--.....(((.(((((..(((......)))..))))).)))(((((((..(...(((.((((.....)))).)))(((.....)))..)..))))---))).. ( -37.40)
>DroMoj_CAF1 1955 100 - 1
GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACACACAGAACCUGAAGCUGCGCAAGCGAAACGAUGAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAAACGGUAAGCUCGAC---CGCCU
((.(.(((((..((((..(((......)))..)))).(((((((..(((..........)))..)))))))....(((.....)))..))))).)---.)).. ( -36.90)
>DroAna_CAF1 1785 98 - 1
GUAGCCGAGCAGAAGGAGCUGCAAAAACAGAACCUGCAGUUGCGCGAGUGCAACGACAAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAGACUGUAAG--CUAU---UAACU
(((((...((((.(((..(((......)))..))).((((((((.((((..........)))).))))))))..........))))..)--))))---..... ( -32.60)
>consensus
GCUGCCGAGCAGCAGGAGCUGCACAAACAGAACCUGAAGCUGCGCAAGCGCAACGACAAGCUCACGCAGCUGGUCACCAAGACGGUAAGCGCUAU___UGCCU
...((((.(((((....))))).......((.((...(((((((.((((..........)))).))))))))))).......))))................. (-27.68 = -27.98 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:47:01 2006