| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,896,525 – 1,896,622 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.784090 |
| Location | 1,896,525 – 1,896,622 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.75 |
| Mean single sequence MFE | -40.03 |
| Consensus MFE | -26.39 |
| Energy contribution | -28.80 |
| Covariance contribution | 2.41 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -2.18 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.57 |
| SVM RNA-class probability | 0.784090 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1896525 97 + 27905053 AG------AAGGG---CGCGCAAUCUCGGCAGGGCAUCUCUAUGCCCUGGCUUUCGAUUCUGGCCCUAUUUCUGGUGCCGGAUUCU--------GGGAUUUGGGAUCCGGGAUU ..------.((((---(.((.((((..(.((((((((....)))))))).)....)))).)))))))......(((.((((((((.--------.(...)..)))))))).))) ( -42.30) >DroSec_CAF1 54800 97 + 1 AG------AAGGG---CGCGCAAUCUCGGCAGGGCAUCUCUAUGCCCUGGCUUUCGAUUCUGGCCCUAUUUCUGGUGCCGGAUUCU--------GGGAUUUGGGAUCCGGGAUU ..------.((((---(.((.((((..(.((((((((....)))))))).)....)))).)))))))......(((.((((((((.--------.(...)..)))))))).))) ( -42.30) >DroSim_CAF1 55602 97 + 1 AG------AAGGG---CGCGCAAUCUCGGCAGGGCAUCUCUAUGCCCUGGCUUUCGAUUCUGGCCCUAUUUCUGGUGCCGGAUUCU--------GGGAUUUGGGAUCCGGGAUU ..------.((((---(.((.((((..(.((((((((....)))))))).)....)))).)))))))......(((.((((((((.--------.(...)..)))))))).))) ( -42.30) >DroEre_CAF1 56953 105 + 1 AG------AAGGG---CGCGCAAUCUCAGCAGGGCAUCUCUAUGCCCUGGCUUUCGAUUCCGUCCCUAUUGCUGGUGCCGGAUUCUGGGAUUCUGGGAUUUGGGAUCCGGGAUU ..------.((((---.(((.((((..((((((((((....))))))).)))...)))).)))))))....(((((.((((((((..(....)..)))))))).).)))).... ( -43.50) >DroYak_CAF1 60640 97 + 1 AG------AAGGG---CGCGCAAUCUCGGCAGGGCAUCUCUAUGGCCUGGCUUUAGAUUCUGGCCCUACUUCUGGUGCCGGAUUCU--------GGGAUUUGGGAACCGGGAUU ..------.((((---(.((.(((((.(.((((.(((....))).)))).)...))))).)))))))..(((((((.(((((((..--------..)))))))..))))))).. ( -39.60) >DroAna_CAF1 42167 97 + 1 AGGGUGGGAGGGGGAAGGCUCAAUCUCGGCAGAGUAUCUCUAUGCCAUGGCUUUGGAUUCCAGCCCCGUUUCUGGUCCUGGGUCCC--------CGAUUUUCAAC--------- .(((.((((..(((....)))..))))((((.((.....)).))))..((((..(((..((((........)))))))..))))))--------)..........--------- ( -30.20) >consensus AG______AAGGG___CGCGCAAUCUCGGCAGGGCAUCUCUAUGCCCUGGCUUUCGAUUCUGGCCCUAUUUCUGGUGCCGGAUUCU________GGGAUUUGGGAUCCGGGAUU .........((((.....((.((((..((((((((((....))))))).)))...)))).)).))))..(((((((.((((((((((......)))))))))).).)))))).. (-26.39 = -28.80 + 2.41)
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