Locus 4944

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	13,014,092 – 13,014,203
Length	111
Max. P	0.999767

overview

Window 0

Location	13,014,092 – 13,014,203
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.78
Mean single sequence MFE	-25.26
Consensus MFE	-22.32
Energy contribution	-22.84
Covariance contribution	0.52
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	4.03
SVM RNA-class probability	0.999767
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13014092 111 + 27905053
CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUGGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACAGAAUGAU
.....((((.(((((((.....(((((((..((((((.....))))....(((...(((((((....)).))))).)))..))..)))))))...)))))))...)))).. ( -21.50)
>DroSec_CAF1 34185 111 + 1
CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAAUAGAAUGGU
...((((((((((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))))..))))) ( -27.30)
>DroSim_CAF1 26597 111 + 1
CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAAUAGAAUGGU
...((((((((((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))))..))))) ( -27.30)
>DroEre_CAF1 34729 111 + 1
CUGACCAUUAUGUGCAACAAACUGUUUAGUUUACAACUAAAUGCCUGUCGCACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAAACUCUAAGCAUAAUUGCGAACAGAAUGGU
...((((((..............(((((((.....)))))))..((((((((...((((.(((....)))....((((....))))...))))...)))).)))))))))) ( -26.90)
>DroYak_CAF1 35423 111 + 1
CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAACUAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCACGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACACAAUGCU
.....((((.(((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))...)))).. ( -23.30)
>consensus
CUGACCAUUAUUUGCAACAAAUUGUUUAGUUUACAGCCAAAUGCUUGUCAUACAAGUGCAUGUUAUAACAAUGUGAGUAAAUACUCUAAACAUAAUUGCAAACAGAAUGGU
...((((((.(((((((.....((((((((((((........(((((.....))))).((((((.....)))))).)))))....)))))))...)))))))...)))))) (-22.32 = -22.84 +   0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	13,014,092 – 13,014,203
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.78
Mean single sequence MFE	-28.88
Consensus MFE	-24.60
Energy contribution	-24.72
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.24
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.76
SVM RNA-class probability	0.999593
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 13014092 111 - 27905053
AUCAUUCUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACCAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG
(((((..((((((((((..((((((((((....)))).....(((....(((((....)))))..((((.....))))..)))))))))....)))))))))))))))... ( -28.00)
>DroSec_CAF1 34185 111 - 1
ACCAUUCUAUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG
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>DroSim_CAF1 26597 111 - 1
ACCAUUCUAUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG
(((((..((((((((((..(((((((....(((((......(((((((.((......)))))))))(((.....)))))))))))))))....)))))))))))))))... ( -29.70)
>DroEre_CAF1 34729 111 - 1
ACCAUUCUGUUCGCAAUUAUGCUUAGAGUUUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUGCGACAGGCAUUUAGUUGUAAACUAAACAGUUUGUUGCACAUAAUGGUCAG
((((((......(((..........((((....))))....(((....))))))...((((((((((((.((((((.....))))))..)))))))))))).))))))... ( -30.90)
>DroYak_CAF1 35423 111 - 1
AGCAUUGUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACGUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUAGUUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG
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>consensus
ACCAUUCUGUUUGCAAUUAUGUUUAGAGUAUUUACUCACAUUGUUAUAACAUGCACUUGUAUGACAAGCAUUUGGCUGUAAACUAAACAAUUUGUUGCAAAUAAUGGUCAG
(((((..((((((((((..(((((((....(((((......(((((((.((......)))))))))(((.....)))))))))))))))....)))))))))))))))... (-24.60 = -24.72 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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