Locus 4925

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,921,356 – 12,921,448
Length 92
Max. P 0.617093
window8061

overview

Window 1

Location 12,921,356 – 12,921,448
Length 92
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.43
Mean single sequence MFE -22.45
Consensus MFE -5.74
Energy contribution -6.08
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.26
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.617093
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12921356 92 - 27905053
--AAUGGAUGUGG-----UA-------UGCUAUGUUCUAUGUGGAUCCCGUACAUA----CAUAUGUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
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>DroSec_CAF1 17963 76 - 1
--AAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAUCCCAUACAUA--------U------------GAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
--...((((((((-----.(-------(((....(((((((((..((.........--------.------------))..))))).))))..)))).)))))))).... ( -14.20)
>DroSim_CAF1 16658 76 - 1
--AAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAUCCCAUACAUA--------U------------GAAAUACAUAAGAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
--...((((((((-----.(-------(((....(((((((((..((.........--------.------------))..))))).))))..)))).)))))))).... ( -14.20)
>DroEre_CAF1 9551 96 - 1
--CAUGGAUGUGG-----UA-------UACGAUGUUCUAUGUGGAACACAUAUGUAUAUACGUACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAGAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
--...((((((((-----.(-------(((....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).........)))))))))...)))).)))))))).... ( -30.50)
>DroYak_CAF1 9622 95 - 1
--AAUGGAUGUGG-----UAUACGGUAUACGAUGUUCUAUGUGGAUCACAAAUG--------UACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
--.........((-----(....((((((.((..(((((((((..((((..(((--------(....))))..))))....)))))....))))..)).))))))..))) ( -18.10)
>DroAna_CAF1 9887 87 - 1
UAUAUAGGUGUGUUCCUAUA-------UACGA--UUCUAUGUGGACCAUCC------------ACAUAUGUGAGUUGGGA--ACAUAAAAAGUGUGUCCUAUAUUUGACC
.(((((((((((((((((..-------((((.--...(((((((.....))------------)))))))))...)))))--)))))..........)))))))...... ( -26.60)
>consensus
__AAUGGAUGUGG_____UA_______UACGAUGUUCUAUGUGGAUCACAUACAUA_______ACAUAUGUGAGUGGGAAAUACAUAAAAAGAGUGUCCUAUAUUUGACC
....(((((((((.................((..(((((((((..((..............................))..)))))....))))..)))))))))))... ( -5.74 =  -6.08 +   0.34)

alignment

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secondary structure

Postscript

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