Locus 4924

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,917,682 – 12,917,775
Length 93
Max. P 0.858418
window8060

overview

Window 0

Location 12,917,682 – 12,917,775
Length 93
Sequences 6
Columns 97
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.23
Mean single sequence MFE -31.40
Consensus MFE -26.46
Energy contribution -26.43
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.858418
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12917682 93 - 27905053
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC----CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
......((((((..(((........))).((----(..((((((((((((((((.((........)))))))))))))))))).))))))))).... ( -33.20)
>DroSec_CAF1 14267 93 - 1
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC----CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
......((((((..(((........))).((----(..((((((((((((((((.((........)))))))))))))))))).))))))))).... ( -33.20)
>DroSim_CAF1 12980 93 - 1
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC----CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
......((((((..(((........))).((----(..((((((((((((((((.((........)))))))))))))))))).))))))))).... ( -33.20)
>DroEre_CAF1 5904 93 - 1
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC----CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
......((((((..(((........))).((----(..((((((((((((((((.((........)))))))))))))))))).))))))))).... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 5955 93 - 1
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC----CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
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>DroAna_CAF1 6099 94 - 1
AGAUUGAUGUGUAGAGG---AAGGAGCUGGGAAAACGAGGAUAUAGUCACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
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>consensus
AGAUCGAUGUGUAGGGCGCUAUAUAGCCGGC____CAGGCAUAUGUGUACGUGUAGAUAUAUGCUUCGCAUGUGUAUGUGUGUGGGCGCGCAUGUUC
......(((((...(((........)))........((((((((((.((....)).)))))))))))))))...((((((((....))))))))... (-26.46 = -26.43 +  -0.03)

alignment

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