Locus 4912

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	12,893,559 – 12,893,700
Length	141
Max. P	0.994204

overview

Window 7

Location	12,893,559 – 12,893,662
Length	103
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.54
Mean single sequence MFE	-27.05
Consensus MFE	-18.98
Energy contribution	-18.85
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.72
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	2.46
SVM RNA-class probability	0.994204
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12893559 103 + 27905053
CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUAAUAUAUGUUCAUAU--------AUACA---------CACAGCCAGCCGAGCGGGCCGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG
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>DroSec_CAF1 11165 100 + 1
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>DroSim_CAF1 10177 104 + 1
CAAAUGAACCCAUAAACAGACUCUGUGGGUUUGUGCACUA---UAUACACAUAUAUGU----AUAUA---------CACGUACAGCCGAGCGGGCCGAUAUACAUACAUAUGCGCAAAUG
.....(((((((((.........)))))))))(((((.((---((((((......)))----)))))---------...((((.(((.....))).)...))).......)))))..... ( -26.10)
>DroYak_CAF1 11439 113 + 1
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>consensus
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.....(((((((((.........)))))))))((((................................................(((.....)))..((((......))))))))..... (-18.98 = -18.85 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	12,893,559 – 12,893,662
Length	103
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.54
Mean single sequence MFE	-30.90
Consensus MFE	-16.22
Energy contribution	-17.29
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.66
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.855506
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12893559 103 - 27905053
CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGGCUGUG---------UGUAU--------AUAUGAACAUAUAUUAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG
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>DroSec_CAF1 11165 100 - 1
CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCUGCCCGCUCGGCUGUAUGUG---------UAUAU--------AUAUGUAUAUA---UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG
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>DroSim_CAF1 10177 104 - 1
CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUACGUG---------UAUAU----ACAUAUAUGUGUAUA---UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG
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>DroYak_CAF1 11439 113 - 1
CAUUUGCGCAUA----UGUAUAUCAGCCUGCUCGGCUCUGUUUGAUAUACAUACAUAUGUAUGUAUGUCUGUAUAUA---UAGUACGCAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG
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>consensus
CAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUAUGUG_________UAUAU________AUAUGUAUAUA___UAGUGCACAAACCCACAGAGUCUGUUUAUGGGUUCAUUUG
....(((((.....((((((((((((((.....)))))..............................))))))))).....)))))..((((((.(((.....))).))))))...... (-16.22 = -17.29 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,893,599 – 12,893,700
Length	101
Sequences	4
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.57
Mean single sequence MFE	-31.50
Consensus MFE	-18.61
Energy contribution	-19.93
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.918440
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12893599 101 - 27905053
ACAGACCGGCGUCGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGGCUGUG---------UGUAU--------AUAUGAACAUAUAU
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>DroSec_CAF1 11205 98 - 1
ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUUUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCUGCCCGCUCGGCUGUAUGUG---------UAUAU--------AUAUGUAUAUA---
((((.((((((.((.((((...((((.((((..(.......)..))))...))))..)))).))..))).))))))).((((---------((((.--------...))))))))--- ( -25.50)
>DroSim_CAF1 10217 102 - 1
ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUACGUG---------UAUAU----ACAUAUAUGUGUAUA---
....((((.(.((((((((...))))))))))))).......((((((((((((((((((((((((.....)))))...)))---------)))))----)))..))))))))..--- ( -34.30)
>DroYak_CAF1 11479 111 - 1
ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUUUGAGUGGUAUUCAUUUGCGCAUA----UGUAUAUCAGCCUGCUCGGCUCUGUUUGAUAUACAUACAUAUGUAUGUAUGUCUGUAUAUA---
(((((((((((..((..((((.......))))(((((.(((........)----)).))))).)).))).))).)))))..(((((((((((....)))))))))))........--- ( -33.20)
>consensus
ACAGACCGGCGACGCGUAUUCUGUAUGUGUGUGGUAUUCAUUUGCGCAUAUGUAUGUAUAUCGGCCCGCUCGGCUGUAUGUG_________UAUAU________AUAUGUAUAUA___
.(((.((((((..((((((.(..((((((((..(.......)..))))))))...).))))..)).))).)))))).......................................... (-18.61 = -19.93 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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