Locus 489

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	1,834,056 – 1,834,212
Length	156
Max. P	0.689233

overview

Window 9

Location	1,834,056 – 1,834,176
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.65
Mean single sequence MFE	-44.32
Consensus MFE	-30.48
Energy contribution	-30.79
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.01
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1834056 120 + 27905053
GACGUUGCGUUAUACAUUUCUCGGAGCUCGCGCCACUUCUCGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCAGUCGGUCGGGGCGUGGCGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUU
...((..((((((..(((((((.(((............))).)))))))..))))).....(((((.(((((.....).)))).))))))..))(((.(((....))).)))........ ( -48.50)
>DroVir_CAF1 315 105 + 1
GACGUUGCGUUAUACAUUUUUCCAUGCUGU---------GUGGUGAAAUCAAUA---AAUUGCGCCAGCUGC---AUGUGGGUAGCGUCGCAGCUUCGCACGAUUUACGCGCUACAUAUU
...((.((((.....(((((.((((.....---------)))).)))))...((---(((((.((.((((((---((((.....)))).))))))..)).))))))).)))).))..... ( -31.80)
>DroSec_CAF1 297 120 + 1
GACGUUGCGUUAUACAUUUCUCGGAACUCGGGCCACUUCUCGGGGAAAUCAAUAGCAGGUUGCCCCAGCCGCAUGCGGCCGGCCUGGGCGUUGAGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUU
((((...))))((((((...((((..((((((((.......((((.((((.......)))).)))).((((....)))).))))))))..))))(((.(((....))).))).)))))). ( -51.20)
>DroSim_CAF1 312 120 + 1
GACGUUGCGUUAUACAUUUCUCGGAACUCGGGCCACUUCUCGGGGAAAUCAAUAGCAGGUUGCCCCAGCCGCAUGCGGCCGGUCUGGGCGUUGAGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUU
((((...))))((((((...((((..((((((((.......((((.((((.......)))).)))).((((....)))).))))))))..))))(((.(((....))).))).)))))). ( -48.50)
>DroEre_CAF1 294 111 + 1
GACGUUGCGUUAUACAUUUCUCGGAA---------CUUCUCGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCGGCUGCUCGGGGCGUGGUGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUU
(((.((((.......(((((((.((.---------....)).))))))).....)))))))((((((((((....))))))(((((((.(((....))).).))))))))))........ ( -45.20)
>DroYak_CAF1 309 111 + 1
GACGUUUCGUUAUACAUCUCUCGGAA---------CUUUUCGGCGAAAUCAAUAGCAUGUUGCCCCAGCCGCAACCGGCCGGUCUGGGCGUGGCGCCGCCCAGUCGGGGGGCUAUGUAUU
...(((((((...........((((.---------...))))))))))).....(((((..(((((.((((....))))(((.(((((((......)))))))))).))))))))))... ( -40.70)
>consensus
GACGUUGCGUUAUACAUUUCUCGGAACUCG_____CUUCUCGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCGGCCGGUCGGGGCGUGGCGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUU
.((((...(((((..(((((((.((..............)).)))))))..))))).....(((((.((((....))))(((...(((((......)))))..))).))))).))))... (-30.48 = -30.79 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	1,834,096 – 1,834,212
Length	116
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.37
Mean single sequence MFE	-44.36
Consensus MFE	-28.16
Energy contribution	-28.72
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.32
SVM RNA-class probability	0.689233
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1834096 116 + 27905053
CGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCAGUCGGUCGGGGCGUGGCGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUUGCACAAGCUUAAGCAUUUUC-CCGAAGACUUAGCU--UC
.((((((((.....((((...(((((.(((((.....).)))).)))))(((((.((.(((....))))))))))...))))....((....))))))))-))((((......))--)) ( -47.70)
>DroVir_CAF1 346 110 + 1
UGGUGAAAUCAAUA---AAUUGCGCCAGCUGC---AUGUGGGUAGCGUCGCAGCUUCGCACGAUUUACGCGCUACAUAUUGUACUAAUUUUAACAUAUUUAACUAAGCAAUAAUU---U
(((((.......((---(((((.((.((((((---((((.....)))).))))))..)).)))))))..)))))..((((((........................))))))...---. ( -23.96)
>DroSec_CAF1 337 116 + 1
CGGGGAAAUCAAUAGCAGGUUGCCCCAGCCGCAUGCGGCCGGCCUGGGCGUUGAGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUUGCACUAGCUUAAGCAUUUUC-CCGAAGUAUUAGCC--AC
(((((((((.....((((...(((((.((((....))))(((..((((((......)))))).))).)))))......))))....((....))))))))-)))...........--.. ( -49.10)
>DroSim_CAF1 352 116 + 1
CGGGGAAAUCAAUAGCAGGUUGCCCCAGCCGCAUGCGGCCGGUCUGGGCGUUGAGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUUGCACUAGCUUAAGCAUUUUC-CCGAAGUAUUAGCC--AC
(((((((((.....((((...(((((.((((....))))(((..((((((......)))))).))).)))))......))))....((....))))))))-)))...........--.. ( -49.70)
>DroEre_CAF1 325 118 + 1
CGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCGGCUGCUCGGGGCGUGGUGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUUGCACUAGUUUGAGCAUAUUU-CCGAAGGGUUAGCUGCCC
(((..(..((((..((.(((.((((((((((....)))))....)))))(..((((.((((.(....)))))...))))..)))).)))))).....)..-)))..((((.....)))) ( -47.20)
>DroYak_CAF1 340 118 + 1
CGGCGAAAUCAAUAGCAUGUUGCCCCAGCCGCAACCGGCCGGUCUGGGCGUGGCGCCGCCCAGUCGGGGGGCUAUGUAUUGCACUAGCUUGAGCAUAUUC-CCGAAGGGUUAGCUCUAC
.(((.....(((((.((((..(((((.((((....))))(((.(((((((......)))))))))).)))))))))))))).....))).((((.((...-((....)).))))))... ( -48.50)
>consensus
CGGGGAAAUCAAUAGCAAGUUGCCCCAGCCGCAGGCGGCCGGUCGGGGCGUGGCGCCGCCCACCCGGGGGGCUAUGUAUUGCACUAGCUUAAGCAUAUUC_CCGAAGGAUUAGCU__AC
(((.(((.......((((...(((((.((((....))))(((...(((((......)))))..))).)))))......))))....((....))...))).)))............... (-28.16 = -28.72 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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