Locus 4879

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,841,495 – 12,841,587
Length 92
Max. P 0.509403
window7989

overview

Window 9

Location 12,841,495 – 12,841,587
Length 92
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.01
Mean single sequence MFE -23.73
Consensus MFE -18.91
Energy contribution -18.17
Covariance contribution -0.75
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.96
Structure conservation index 0.80
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.509403
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12841495 92 - 27905053
ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCAGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC---------
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>DroSec_CAF1 10788 92 - 1
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>DroSim_CAF1 10969 92 - 1
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>DroEre_CAF1 10959 92 - 1
ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUGGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC---------
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>DroYak_CAF1 10849 92 - 1
ACCGUAAUCUA--UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGGAGCUAUUGUGCUCCAUAAUUGGC---------
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>DroAna_CAF1 11134 103 - 1
ACCGUAAUUUAUAUAUUAAAAUGCGUAAUUUAGAGCACACAGGUAAACUGGUAUGUGCUUUAAGUACGUGAAGUUAUCAAGCUUCGCAAUUAGCAGCCUCUAG
.....................((((((.((((((((((((((.....)))...))))))))))))))((((((((....)))))))).....)))........ ( -29.70)
>consensus
ACCGUAAUCUA__UAUUAAAAUGUGUAAUUUAGAGCAGUUUUGCAAACCGGUAUGUGCUUUAAGUACGCGGAGCUAUUGUGCUUCAUAAUUGGC_________
......................(((((.(((((((((....(((......)))..))))))))))))))(((((......))))).................. (-18.91 = -18.17 +  -0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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