| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,652,175 – 12,652,270 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.873354 |
| Location | 12,652,175 – 12,652,270 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 101 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.67 |
| Mean single sequence MFE | -33.23 |
| Consensus MFE | -21.77 |
| Energy contribution | -24.13 |
| Covariance contribution | 2.36 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -2.24 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.88 |
| SVM RNA-class probability | 0.873354 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12652175 95 - 27905053 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -36.60) >DroVir_CAF1 19168 76 - 1 GGCCAUUUGCAUAC--GC----------------------CCAUGAGCAAGAGCUGGGA-CCUCGCCGCGGGCGUAUCGUUUACGGAAUUAGUGACAAAUU ..((.(..((((((--((----------------------((...(((....)))(((.-...).))..)))))))).))..).))............... ( -20.60) >DroSec_CAF1 28632 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGCGCGUG-GGCGUGUUCAGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(((((..-..))))).)))))))))))))))).. ( -40.20) >DroSim_CAF1 26640 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCAGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((-----(..((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -37.30) >DroEre_CAF1 31968 95 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAG-----UACUACUGUAUGGGCACUCGACGGGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGCGCAAUU .(((((((((......(-----(((....))))..)))(((((((.(((((((((((.......))))))))).-.)).)).)))))...)))).)).... ( -29.00) >DroYak_CAF1 20635 100 - 1 GGCCAUUUGCAUAUUAGUAUGGUACUACUGUAUGGGCACUCCGUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGAG-GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......((((((((((((.......((((((((..((((.....))))..))))))))...((((..(..((..-..))..).)))))))))))))))).. ( -35.70) >consensus GGCCAUUUGCAUAUUAG_____UACUACUGUAUGGGCACUCCAUGUGCAUGUACAGUGAACCCUGCUGUGCGUG_GGCGUGUUCGGGAUUAGUGUGCAAUU ......(((((((((((........(((((((((.((((.....)))).)))))))))...((((..((((.....))))...)))).))))))))))).. (-21.77 = -24.13 + 2.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:40:02 2006