Locus 4813

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,576,902 – 12,577,006
Length 104
Max. P 0.987199
window7891 window7892

overview

Window 1

Location 12,576,902 – 12,577,006
Length 104
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.88
Mean single sequence MFE -29.53
Consensus MFE -15.13
Energy contribution -17.00
Covariance contribution 1.87
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 2.07
SVM RNA-class probability 0.987199
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12576902 104 + 27905053
AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUUGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCGAGAAUGCGAUUCAUUAUUUUAAGUG
((((((....((((((......))))))))))))(((((((((((...)))))...))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... ( -27.90)
>DroVir_CAF1 70538 100 + 1
AUCAGAGACCACAUAGCCCAGUGUAUUCUCAGCUGUAAUGCGAUCCGUGUUGGCAGCGUGUCUGUGGAUCACAUCCUCCAGCACGCGAUUCAUUGUGGC----U
....((((..((((......))))..))))(((..(((((.((((((((((((.((.(((((....)).)))...)))))))))).)))))))))..))----) ( -37.10)
>DroSim_CAF1 65679 104 + 1
AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUGGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCGAGAAUGCGAUUCAUUAUUUCAAGUG
((((((....((((((......))))))))))))((((((.((.((.....)).))))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... ( -31.00)
>DroEre_CAF1 64348 104 + 1
AUCGGACACCACAUACCCUAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUCGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCCAGAAUCCGAUUCAUUAUUUCAAAAG
((((((....((((((......)))))))))))).((((((((((...))))))...(((((((.(((.....))).)))))))...))))............. ( -29.00)
>DroWil_CAF1 37057 104 + 1
AUCCGAGACCACAUAGCCCAUUGUGUUCUCAGAUGUAAUACGCUCCACCAUCGGUUUAUUCUUGCGGAUCACAUCUUCCAGAAUGCGAUUCAUUUUAUUGCCUU
....((((.((((........)))).))))((((((.((.(((.((......)).........))).)).))))))........(((((.......)))))... ( -21.80)
>DroYak_CAF1 64665 104 + 1
AUCGGACACCACAUACCCUAUGGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUUGUUCCAUUCUGGUGAAUUACCUUCUCCAGAAUACGAUUCAUUAUUUCAAGUG
((((((....(((((((....))))))))))))).((((((((((...))))))...(((((((.(((.....))).)))))))...))))............. ( -30.40)
>consensus
AUCGGACACCACAUACCCAAUAGUAUGUUCCGAUAGAAUGCGAUCCACGAUCGUUCCAUUCUGGUGAAUCACCUUCUCCAGAAUGCGAUUCAUUAUUUCAAGUG
((((((....((((((......))))))))))))((((((.(((........))).))))))((((((((.(.(((....))).).)))))))).......... (-15.13 = -17.00 +   1.87)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 12,576,902 – 12,577,006
Length 104
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.88
Mean single sequence MFE -30.86
Consensus MFE -15.88
Energy contribution -17.49
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.845907
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12576902 104 - 27905053
CACUUAAAAUAAUGAAUCGCAUUCUCGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUUGGGUAUGUGGUGUCCGAU
............((((((((.(((....))).))))))))..((((((((.((....))..)).))))))(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -30.10)
>DroVir_CAF1 70538 100 - 1
A----GCCACAAUGAAUCGCGUGCUGGAGGAUGUGAUCCACAGACACGCUGCCAACACGGAUCGCAUUACAGCUGAGAAUACACUGGGCUAUGUGGUCUCUGAU
.----.............((((((((..((((...)))).))).)))))......((.(((((((((...((((.((......)).))))))))))))).)).. ( -33.30)
>DroSim_CAF1 65679 104 - 1
CACUUGAAAUAAUGAAUCGCAUUCUCGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACCAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUUGGGUAUGUGGUGUCCGAU
............((((((((.(((....))).))))))))..((((((((.((.....)).)).))))))(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -33.50)
>DroEre_CAF1 64348 104 - 1
CUUUUGAAAUAAUGAAUCGGAUUCUGGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACGAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU
...............((((((((((((((((.(((((((((...............))))))))).)))).)))))(((((((....)))))))...))))))) ( -32.66)
>DroWil_CAF1 37057 104 - 1
AAGGCAAUAAAAUGAAUCGCAUUCUGGAAGAUGUGAUCCGCAAGAAUAAACCGAUGGUGGAGCGUAUUACAUCUGAGAACACAAUGGGCUAUGUGGUCUCGGAU
...((...........(((((((......)))))))(((((..(.......)....))))))).......((((((((.((((........)))).)))))))) ( -27.10)
>DroYak_CAF1 64665 104 - 1
CACUUGAAAUAAUGAAUCGUAUUCUGGAGAAGGUAAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACCAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU
....((..((.((((.((.((((((((.(((.....))).))))))))))....))))..))..))....(((((((((((((....)))))))....)))))) ( -28.50)
>consensus
CACUUGAAAUAAUGAAUCGCAUUCUGGAGAAGGUGAUUCACCAGAAUGGAACAAUCGUGGAUCGCAUUCUAUCGGAACAUACUAUAGGGUAUGUGGUGUCCGAU
...........................((((.(((((((((...............))))))))).))))(((((((((((((....)))))))....)))))) (-15.88 = -17.49 +   1.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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