| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,533,318 – 12,533,431 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.727485 |
| Location | 12,533,318 – 12,533,431 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.51 |
| Mean single sequence MFE | -36.57 |
| Consensus MFE | -17.81 |
| Energy contribution | -18.90 |
| Covariance contribution | 1.09 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -2.18 |
| Structure conservation index | 0.49 |
| SVM decision value | 0.42 |
| SVM RNA-class probability | 0.727485 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 12533318 113 + 27905053 ACAGUAUCU--GCAUCUCCGAGAUACGUUGUUGGCCAGUGGCCG-----UGGAGCAGUUCAAAGUAAGCUGGCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCUCUCUCUGAGGGGCAAUUAAGA ...((((((--.(......)))))))((((.((((((((.((..-----((((....))))..))..)))))))).))))...((...(((((...((((.....)))))))))...)). ( -34.50) >DroPse_CAF1 21953 120 + 1 AGUGUAUCUUUGCUUCUCAGAGAUACGGCGACAGCACGUUGCAUCCAGCAAGAGCAGUUCAAAGCCAACUGUCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCCCUCUCCGAGGGGCAAUUAAAC ((((((((((((.....)))))))))((((((((....((((.....))))(.((........)))..)))).)))).....)))..........(((((((...)))))))........ ( -37.30) >DroEre_CAF1 20068 113 + 1 ACAGUAUCU--CCAUCUCCGAGAUACGUUGAUGGCCGGUGGCCG-----UGGAGCAGUUCAAAGUGAGCUGCCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCUCUCUCUGAGGGGCAAUUAAGA ...((((((--(.......)))))))((((((((((...))))(-----(((.(((((((.....)))))))))))..))))))....(((((...((((.....)))))))))...... ( -44.10) >DroYak_CAF1 19207 113 + 1 ACAGUAUCU--GCAUCUCAGAGAUACGUUGUUGGCUAGUGGCCG-----UGGAGCAGUUCAAAGUGAGCUGCCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCUCUCUCUGAGGGGCAAUUAAGA ........(--((..((((((((.......(((((((((....(-----(((.(((((((.....)))))))))))......))))....))))).....))))))))..)))....... ( -41.10) >DroAna_CAF1 22108 104 + 1 CCUGUAUCUCAGCAUCUGUAAGAUACAUCGUCGACCAGUG----------------GUUCAAAGUGAGCUGGCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCUCUCUCGCUGGGCCAAUUAAGA ..((((((((((...)))..)))))))...........((----------------(((((..(((((..(((.((.((((....)))).))...)))...))))))))))))....... ( -24.00) >DroPer_CAF1 26056 120 + 1 AGUGUAUCUUUGCCUCCCAGAGAUACGGGGACAGCACGUUGCAUCCAGCAAGAGAAGUUCAAAGCGAACUGUCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCCCUCUCGGAGGGGCAAUUAAAC ((((((((((((.....)))))))))((((((((..((((((.....))..(((...)))..))))..)))))).)).....)))..........(((((((...)))))))........ ( -38.40) >consensus ACAGUAUCU__GCAUCUCAGAGAUACGUUGACGGCCAGUGGCCG_____UGGAGCAGUUCAAAGUGAGCUGCCCGCCAAUUAACUAAUUUGCCAAGUCUCUCUCUGAGGGGCAAUUAAGA ...((((((...........)))))).......(((...))).........(.(((((((.....))))))).)((.((((....)))).))...(((((((...)))))))........ (-17.81 = -18.90 + 1.09)
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