Locus 4734

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,421,646 – 12,421,750
Length 104
Max. P 0.582053
window7775

overview

Window 5

Location 12,421,646 – 12,421,750
Length 104
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.79
Mean single sequence MFE -31.28
Consensus MFE -17.69
Energy contribution -17.80
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.582053
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12421646 104 + 27905053
CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUACUGGAUCCUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UUG--AAUCAA-----CACAAACCCCAUAAACUGGAU-----UUU
.(((.((((.(((((((.(..((((((.......))))))..).))))).)))))))))...........(--(((--...)))-----).......(((.....)))..-----... ( -31.50)
>DroGri_CAF1 21589 116 + 1
CCACUGGUGUGGUGCUGUUCUUAUUCACCAGUACUGGAUACUCUCCGCAGCCCACUGUGUGCAUAAGUAAG--UGCCAAAUAAAGCGUGCAAAAUCCGCAGUAACAGAAGCAACAGCU
...(((...(((..((...(((((.(((((((.((((........).)))...)))).))).)))))..))--..)))......((.(((.......)))))..))).(((....))) ( -29.00)
>DroEre_CAF1 20848 104 + 1
CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUAUUGGAUACUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UCG--AAUCAG-----CAGAAACCCCUUGCACCGUGG-----CCU
((((.((((((((((((((..((((((.......))))...))..)))))))).((((((((((......)--).)--)))..)-----)))........))))))))))-----... ( -42.00)
>DroWil_CAF1 23078 99 + 1
UCACUGGUGCGGAGCCGUGCUGAUACAUCAGUAUUGGAUACUCUCGGCAGCACAUUGUGUUCACAAGUAAG--UAC--AAGUAA-----C----ACCACAUAAUGACCA------UUU
....((((((.(((..((((..((((....))))..).))).))).))....((((((((...........--...--......-----.----...))))))))))))------... ( -23.56)
>DroYak_CAF1 21202 104 + 1
CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGCACUGGAUCCUCUCCGCCGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG--UCG--AAUCAA-----GAGAAACCCCAUACACCGGAU-----UUU
...((((((..(((((((((((......))))...(((.....)))))))))).((..((((((......)--).)--)))..)-----)............))))))..-----... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 20004 104 + 1
GCACUGGUGUGGUGCGGUGCUCAUACACCAGUACUGGAUACUCUCAGCAGCACACUGUGUUCAUAAGUAAAGAUUA--GGUCAA-----UAU--AUUCCAUUUAAUGGGU-----ACU
((((.((((((.(((((((......))))((((.....))))....))).)))))))))).....((((..(((..--.)))..-----...--..(((((...))))))-----))) ( -26.70)
>consensus
CCACUGGUGCGGGGCGGUGCUGAUCCACCAGUACUGGAUACUCUCCGCAGCCCACUGUGUUCACAAGUAAG__UCG__AAUCAA_____CAGAAACCCCAUAAACAGGAU_____UCU
.(((.((((.(.(((((.....(((((.......))))).....))))).).)))))))........................................................... (-17.69 = -17.80 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:37:41 2006