Locus 4689

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,339,562 – 12,339,682
Length 120
Max. P 0.647708
window7702

overview

Window 2

Location 12,339,562 – 12,339,682
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.17
Mean single sequence MFE -58.40
Consensus MFE -49.70
Energy contribution -50.82
Covariance contribution 1.11
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.647708
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12339562 120 - 27905053
GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAACUCCAGCUCUACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU
((((....))))...((((((((.(.(((((((((....))))))))).).))......(((...(((((((((((.(((((...))))).)).)))))).))).))))).))))..... ( -57.00)
>DroPse_CAF1 10437 120 - 1
GAAUCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCGAGCCGCAGCUCCAGCUCGACAAUGCGGGCGUCCAGCUGCUGGAGGCGCUGCAGCCGCAGCUCCAUUCGCGUCU
(((..(((..(((..((((.(((...(.(((((((....))))))).))))(((((.((.(((((......))))).(((((...))))))).))))).)))))))..))))))...... ( -58.00)
>DroSec_CAF1 8476 120 - 1
GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGUAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU
((((....))))...((((((((..(((((((((((((.((((...)))).))))))...)))))))(((((((((.(((((...))))).)).)))))))....)).)).))))..... ( -59.20)
>DroSim_CAF1 7603 120 - 1
GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGAGCGUCCAGCUGUUGAAGGCGCUGCAUCCGUUGCUCCAGCCGCGUCU
((((....))))...((((((((..(((((((((((((.((((...)))).))))))...)))))))(((((.((((((...(....)..)))))))))))....)).)).))))..... ( -57.00)
>DroYak_CAF1 3959 120 - 1
AGACCUGCGUCUGUUCAGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGGCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGAAGGCGCUGCAUCCGCUGCUCCAGCCGCGUCU
((((..(((.(((..(((((((((..(((((((((....))))))))))))(((((.((.((........)).(((.....)))......)).)))))..))))))...))).))))))) ( -61.20)
>DroPer_CAF1 6188 120 - 1
GAAUCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCGAGCCGCAGCUCCAGCUCGACAAUGCGGGCGUCCAGCUGCUGGAGGCGCUGCAGCCGCAGCUCCAUUCGCGUCU
(((..(((..(((..((((.(((...(.(((((((....))))))).))))(((((.((.(((((......))))).(((((...))))))).))))).)))))))..))))))...... ( -58.00)
>consensus
GGACCUGGGUCUGUUCGGCGGGCCAGUGGAGCAGCUGCUGCUGCUCCAGUCGCAGCUCCAGCUCCACGAUGCGGGCGUCCAGCUGUUGGAGGCGCUGCAUCCGCUGCUCCAGCCGCGUCU
((((.((((((((.....))))))..(((((((((((..(((((.......)))))..)))))....(((((((((.(((((...))))).)).)))))))....))))))..)).)))) (-49.70 = -50.82 +   1.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:36:33 2006