Locus 4615

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,132,373 – 12,132,482
Length 109
Max. P 0.849802
window7586

overview

Window 6

Location 12,132,373 – 12,132,482
Length 109
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.07
Mean single sequence MFE -46.25
Consensus MFE -40.03
Energy contribution -41.20
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.849802
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12132373 109 - 27905053
GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAAGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU
..(((((.(((.(((((((.(((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).)))).)))))))..))).)))))................... ( -45.90)
>DroSec_CAF1 38706 109 - 1
GUGGGUGUGGUAGCAUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGUUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU
..(((((.(((.((.((((((((((.(((((.(((((..(((.....)))..))))).)))))...)))))))))).))..))).)))))................... ( -45.60)
>DroSim_CAF1 38459 109 - 1
GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUUCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU
..(((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).))))))))))))..))).)))))................... ( -52.40)
>DroEre_CAF1 38793 109 - 1
GAGGGUGUGGUAUUGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAUCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUAUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCCGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU
(((((((.(((..((((((((((((((((((.((((.((........)).))))....)).))))).)))))))))))...))).)))))))................. ( -44.80)
>DroYak_CAF1 47755 109 - 1
GAGGGUGUGGUUGUGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUGUGACCCCGCUCAAAGGCGGCGCCCGCCUCAUCCUUUUGAUGAUGAUGGACAU
(((((((.(((.((((((((((.((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)).))))).).))))))))))..))).)))))))................. ( -48.40)
>DroAna_CAF1 34306 109 - 1
AGGGGAGGGGCAGUAGCACCAUCGGUGGGCUUCAUCAGGUGACUGUUCCGGAUGCUGUGGCCACGUUCAAAGGCCGCACCGGCUUCGUCCUUUUGGUGGUGGUGGACAU
.............((.(((((((((.((((.....(((....)))..((((....(((((((.........)))))))))))....))))..))))))))).))..... ( -40.40)
>consensus
GUGGGUGUGGUAGCGUUGCCUUCGGUGGGUUUCAGCAGGUGGCUGUUCCGGAUGCUGUGACCCCGCUCGAAGGCGGCGCCAGCCUCAUCCUUCUGAUGAUGAUGGACAU
..(((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).)))).))).))))))))))))..))).)))))................... (-40.03 = -41.20 +   1.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:34:42 2006