Locus 4595

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 12,085,015 – 12,085,215
Length 200
Max. P 0.999697
window7547 window7548 window7549 window7550 window7551

overview

Window 7

Location 12,085,015 – 12,085,135
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.92
Mean single sequence MFE -49.02
Consensus MFE -45.10
Energy contribution -45.70
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.63
SVM RNA-class probability 0.968631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12085015 120 + 27905053
CUCCAAUGUGUCGGCGGGCGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUCGGUUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUU
((((...((((.(((....))).))))...))))..((((((((.......))))))))..(((((....(((((.((..((((((...)))))))).)))))....)))))........ ( -48.50)
>DroSec_CAF1 21706 120 + 1
CUCCAAUGUGUCGGCGGGCGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUU
((((...((((.(((....))).))))...)))).((((((.(((.......((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))))))))))). ( -50.80)
>DroSim_CAF1 21894 120 + 1
CUCCAAUGUUUCGGCGGGCGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUU
((((...((...(((....)))...))...)))).((((((.(((.......((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))))))))))). ( -47.50)
>DroEre_CAF1 23797 120 + 1
CUCCAAUGUGUCGGCGGGCGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAGUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUGCCGAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUAUU
((((...((((.(((....))).))))...))))..((((((((.......))))))))(((....)))(((.(((.((((((((....)((((.....))))))))))).))))))... ( -48.70)
>DroYak_CAF1 24179 120 + 1
CUCUAAUGUGUCGGCGGGAGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAGUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUGCCGAGCUGUAAGCUCAGCUCGGAGGAUCUCUU
((((...((((.(((....))).))))...))))..((((((((.......))))))))....((((((..(((((...)))))....((((((((......))))))))..)))))).. ( -49.60)
>consensus
CUCCAAUGUGUCGGCGGGCGCCAAUACCUGGGAGUACGGAUUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUU
((((...((((.(((....))).))))...)))).((((((.(((.......((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))))))))))). (-45.10 = -45.70 +   0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 12,085,015 – 12,085,135
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.92
Mean single sequence MFE -38.94
Consensus MFE -35.90
Energy contribution -36.86
Covariance contribution 0.96
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.16
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.612711
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12085015 120 - 27905053
AACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGAACCGAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCGCCCGCCGACACAUUGGAG
......((..((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).((((((...((((.((.(((((.......))))).)).))))....((.(((((....))))).)).)))))) ( -43.60)
>DroSec_CAF1 21706 120 - 1
AACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCGCCCGCCGACACAUUGGAG
......((..((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).((((((....(((.((.(((((.......))))).)).))).....((.(((((....))))).)).)))))) ( -39.70)
>DroSim_CAF1 21894 120 - 1
AACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCGCCCGCCGAAACAUUGGAG
......((..((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).((((((....(((.((.(((((.......))))).)).))).....((.(((((....))))).)).)))))) ( -39.70)
>DroEre_CAF1 23797 120 - 1
AAUAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAACUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCGCCCGCCGACACAUUGGAG
....((((((.((((((((((.....)))))))........((((...((.(((....))).))....)))))))))).)))....((((...((.(((((....))))).))...)))) ( -39.30)
>DroYak_CAF1 24179 120 - 1
AAGAGAUCCUCCGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAACUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCUCCCGCCGACACAUUAGAG
..(((.....((((((((......))))))))......))).(((.......(((..(((.((...(((.......)))...)).)))....))).(((((....))))))))....... ( -32.40)
>consensus
AACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAAUCCGUACUCCCAGGUAUUGGCGCCCGCCGACACAUUGGAG
......((..((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).((((((....(((.((.(((((.......))))).)).))).....((.(((((....))))).)).)))))) (-35.90 = -36.86 +   0.96)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 12,085,055 – 12,085,175
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.42
Mean single sequence MFE -52.42
Consensus MFE -48.30
Energy contribution -48.86
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.16
SVM RNA-class probability 0.989389
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12085055 120 + 27905053
UUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUCGGUUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUUCAAGAGCGGAUUGGGCGGUCAGGUUGUGACCGCCUCCCGC
.((.((((((.((..(((((((((......))))))..(((((((......(((.....)))))))))))))..)))))))).))((((...(((((((((.....))))))))).)))) ( -53.20)
>DroSec_CAF1 21746 120 + 1
UUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUUCAAGAGCGGAUUGGGCGGUCAGGUUGUGACAGCCUCGCGC
.((.((((((..((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))......)))))).))(((....((((.((((.....)))).))))))).. ( -47.60)
>DroSim_CAF1 21934 120 + 1
UUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUUCAAGAGCGGAUUGGGCGGUCAGGUUGUGACCGCCUCCCGC
.((.((((((..((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))......)))))).))((((...(((((((((.....))))))))).)))) ( -56.00)
>DroEre_CAF1 23837 120 + 1
UUCCUGGACAUGGAGUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUGCCGAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUAUUCAAGAGCGGUCUGGGCGGUCAGGUUGUGACCGCCUCCCGC
.((((.......((..((.(((....))).))..)).((((((((....)((((.....)))))))))))))))...........((((...(((((((((.....))))))))).)))) ( -52.80)
>DroYak_CAF1 24219 120 + 1
UUCCUGGACAUGGAGUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUGCCGAGCUGUAAGCUCAGCUCGGAGGAUCUCUUCAAGAGCGGACUGGGCGGUCAGGUUGUGACCGCCUCCCGC
...((((((.....))))))...((((((...((((..((((..(((.((((((((......))))))))...))).))))..)))).))).(((((((((.....)))))))))))).. ( -52.50)
>consensus
UUCCUGGACAUGGAAUUCGGACUGGGGUCGGAGUUCACGGAGCUGGUACCCAGCUGUAAGCUCAGCUCCGAGGAUCUGUUCAAGAGCGGAUUGGGCGGUCAGGUUGUGACCGCCUCCCGC
.((((.......((((((.(((....))).)))))).((((((((......(((.....)))))))))))))))(((.....)))((((...(((((((((.....))))))))).)))) (-48.30 = -48.86 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 12,085,055 – 12,085,175
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.42
Mean single sequence MFE -47.16
Consensus MFE -42.34
Energy contribution -43.98
Covariance contribution 1.64
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.69
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.90
SVM RNA-class probability 0.999697
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12085055 120 - 27905053
GCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGAACCGAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAA
(((((.((((((((.....))))))))...)))))(((((.(((....(((((..(.(((.((((((((((...))))))..)))).))).)..)))))...(.....).))).))))). ( -49.30)
>DroSec_CAF1 21746 120 - 1
GCGCGAGGCUGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAA
(((.(((((.((((.....)))).)))...)))))(((((.(((......((((((((.(((((....)))))..)))))))).(((.((.(((....))).)).)))..))).))))). ( -40.20)
>DroSim_CAF1 21934 120 - 1
GCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAA
(((((.((((((((.....))))))))...)))))(((((.(((......((((((((.(((((....)))))..)))))))).(((.((.(((....))).)).)))..))).))))). ( -49.50)
>DroEre_CAF1 23837 120 - 1
GCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAGACCGCUCUUGAAUAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAACUCCAUGUCCAGGAA
((((..((((((((.....))))))))....))))(((((.(((..((..(((((((((((.....))))(....)))))))).))..((.(((....))).))......))).))))). ( -47.80)
>DroYak_CAF1 24219 120 - 1
GCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAGUCCGCUCUUGAAGAGAUCCUCCGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAACUCCAUGUCCAGGAA
(((((.((((((((.....))))))))...)))))(((((..(((.....((((((((......))))))))......)))((((...((.(((....))).))....))))..))))). ( -49.00)
>consensus
GCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCUCCGUGAACUCCGACCCCAGUCCGAAUUCCAUGUCCAGGAA
(((((.((((((((.....))))))))...)))))(((((.(((......((((((((.(((((....)))))..)))))))).(((.((.(((....))).)).)))..))).))))). (-42.34 = -43.98 +   1.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 12,085,095 – 12,085,215
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.75
Mean single sequence MFE -49.82
Consensus MFE -42.94
Energy contribution -43.98
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.552191
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 12085095 120 - 27905053
CCAUGAUGUGGGCCGGGUGCUCCAGUUCGUUGUCGUGCAGGCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCU
......(((((((.....(((((.((((((......)).((((((.((((((((.....))))))))...))))))...)))).(.....))))))...)))))))(((((...))))). ( -50.20)
>DroSec_CAF1 21786 120 - 1
CCAUGAUGUGGGCCGGGUGCUCCAGUUCGUUGUCAUGCAGGCGCGAGGCUGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCU
......(((((((.(((((...(((...(((((...((((.(....).)))).))))))))..)))))..((.(((((.((........))))))).)))))))))(((((...))))). ( -44.80)
>DroSim_CAF1 21974 120 - 1
CCAUGAUGUGGGCCGGGUGCUCCAGUUCGUUGUCGUGCAGGCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCU
......(((((((.....(((((.((((((......)).((((((.((((((((.....))))))))...))))))...)))).(.....))))))...)))))))(((((...))))). ( -50.20)
>DroEre_CAF1 23877 120 - 1
CCAUGAUGUGGGCCGGCUGCUCCAGUUCGUUGUCGUGCAGGCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAGACCGCUCUUGAAUAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCU
.((.((.((((.(((.((((..(((....)))....)))).)))(.((((((((.....)))))))))...)))))).))...........((.(((((((.....))))))).)).... ( -50.30)
>DroYak_CAF1 24259 120 - 1
CCAUGAUGUGGGCCGGCUGCUCCAGUUCGUUGUCGUGCAGGCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAGUCCGCUCUUGAAGAGAUCCUCCGAGCUGAGCUUACAGCUCGGCACCAGCU
........((((((((((((((.((((((..(((...((((((((.((((((((.....))))))))...))))))..))....)))....))))))))))....))).)))).)))... ( -53.60)
>consensus
CCAUGAUGUGGGCCGGGUGCUCCAGUUCGUUGUCGUGCAGGCGGGAGGCGGUCACAACCUGACCGCCCAAUCCGCUCUUGAACAGAUCCUCGGAGCUGAGCUUACAGCUGGGUACCAGCU
......(((((((.....(((((((.((....(((....((((((.((((((((.....))))))))...))))))..)))...))..)).)))))...)))))))(((((...))))). (-42.94 = -43.98 +   1.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:34:04 2006