Locus 4499

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,927,271 – 11,927,416
Length	145
Max. P	0.970284

overview

Window 4

Location	11,927,271 – 11,927,376
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.98
Mean single sequence MFE	-44.07
Consensus MFE	-26.32
Energy contribution	-26.85
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.77
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.66
SVM RNA-class probability	0.970284
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11927271 105 + 27905053
ACGGAGGCCAUUCGCAACGUAUCCAGCCGGCUCAUAGAUGUGGGUGAGGUGGCUAUGACGCCAUCUGAACAGACAGACAUGACAGACGUGGACAUGGCCACCAUU
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>DroPse_CAF1 36845 105 + 1
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.....(((((((((...)))((((((((..((((......))))......(((((((((...((((....)))).)))))))))))).)))))))))))...... ( -47.40)
>DroGri_CAF1 39933 105 + 1
ACCGAGGCCAUACGCAAUGUGGCCAACAGGCUGUGCGAAAUGGGCGAAACGGCUAUGUCGCCAUCGGCCCAAACCGACAUGGGUGAUGUCGAUAUGGCCGGCAUU
.....(.((((.((((....((((....)))).))))..)))).)....(((((((((((.(((((.((((........))))))))).)))))))))))..... ( -47.30)
>DroMoj_CAF1 36457 105 + 1
ACGGAGGCUAUACGUAAUGUGGCCAGCAGGCUAUGCGAGAUGGGCGAGACGGCCAUGUCUCCAUCAGCACAAACAGAUAUGGCCGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUU
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>DroAna_CAF1 49652 105 + 1
ACGGAGGCUAUCCGGAAUGUCUCCAGUCGGCUAAUCGAGAUGGGGGAAAUGGCCAUGUCACCGUCAGUCCAGACCGAUAUGGCUGACGUGGAUAUGGCUGGCAUU
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>DroPer_CAF1 36697 105 + 1
ACCGAGGCCAUACGCAACGUGUCCAGUCGCCUCAGCGAAAUGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCGUCUGUGCAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUC
.....(((((((((...)))((((((((..((((......))))......(((((((((...((((....)))).)))))))))))).)))))))))))...... ( -47.40)
>consensus
ACCGAGGCCAUACGCAACGUGUCCAGCCGGCUCAGCGAAAUGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCAUCUGUACAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUU
......(((..........((((((..((......))...))))))....(((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))))... (-26.32 = -26.85 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	11,927,311 – 11,927,416
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.32
Mean single sequence MFE	-40.50
Consensus MFE	-26.67
Energy contribution	-26.90
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.700659
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11927311 105 + 27905053
UGGGUGAGGUGGCUAUGACGCCAUCUGAACAGACAGACAUGACAGACGUGGACAUGGCCACCAUUGCCGAGGACGAGCUUUCCGAGCAGUUCUCCGUACAGGGAA
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>DroGri_CAF1 39973 105 + 1
UGGGCGAAACGGCUAUGUCGCCAUCGGCCCAAACCGACAUGGGUGAUGUCGAUAUGGCCGGCAUUGCCGAGGUGGAACUAUCCGAACAGUUCUCCGUGCAAGGCA
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>DroWil_CAF1 35870 105 + 1
UGGGAGAGACGGCCAUGACGCCAUCCGUACAAACUGAUAUGGCUGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUAGCAGAGGAUGAGCUCUCCGAACAAUUUUCUGUCCAGGGCA
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>DroMoj_CAF1 36497 105 + 1
UGGGCGAGACGGCCAUGUCUCCAUCAGCACAAACAGAUAUGGCCGAUGUGGAUAUGGCUGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAACAGUUCUCAGUGCAAGGCA
..(((((..((((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))...)))))((((((((....))))......))))........... ( -40.30)
>DroAna_CAF1 49692 105 + 1
UGGGGGAAAUGGCCAUGUCACCGUCAGUCCAGACCGAUAUGGCUGACGUGGAUAUGGCUGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCUGAGCAGUUCUCCGUGCAGGGUA
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>DroPer_CAF1 36737 105 + 1
UGGGAGAGAUGGCCAUGUCGCCGUCUGUGCAGACAGACAUGGCCGACGUGGACAUGGCCGGCAUCGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAGCAGUUCUCAAGGCAGGGCA
..((((((.(((((((((((((((((((....))))))..))).......))))))))))...((((....))))..)))))).....(((((......))))). ( -44.51)
>consensus
UGGGAGAGACGGCCAUGUCGCCAUCAGUACAAACAGACAUGGCUGACGUGGAUAUGGCCGGCAUUGCCGAGGUGGAGCUCUCCGAACAGUUCUCCGUGCAGGGCA
.........((((((((((..((((.((.((........)))).))))..))))))))))((.((((...((.((((((........))))))))..)))).)). (-26.67 = -26.90 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

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