Locus 4495

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,918,730 – 11,918,921
Length 191
Max. P 0.819260
window7349 window7350

overview

Window 9

Location 11,918,730 – 11,918,830
Length 100
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.64
Mean single sequence MFE -39.47
Consensus MFE -26.39
Energy contribution -29.58
Covariance contribution 3.20
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.589800
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11918730 100 + 27905053
ACUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCACGGAGGACGGAUAGAGGAACUGGCUC---CCGGAGUAAGCUUCGCCUCCGUUGUCUUGCUGUUGUUGCUCCU
.....((.((((((((((((((.....)))..(((.((((((..((((.....((((---...))))...))))...)))))).))).))))))))))))).. ( -40.00)
>DroSec_CAF1 23565 100 + 1
AUUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCACGGAGGACGGAUGGAGGAACUUGCUC---CCGGUGUGAGCUUUGCCUCGGUUGUCUUGCUGUUGCUGCUCCU
.....((.((((((((((((((.....)))....((((((.((.((((.....((((---.......))))....)))).))))))))))))))))))))).. ( -42.00)
>DroSim_CAF1 23497 100 + 1
ACUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCACGGAGGACGGAUGGAGGAACUUGCUC---CCGGAGUAAGCUUUGCCUCGGUUGUCUUACUGUUGCUGCUCCU
.....((.((((((((((.(((.....)))....((((((.((.((((..(((((((---...))))))).....)))).)))))))).)))))))))))).. ( -38.80)
>DroEre_CAF1 23199 100 + 1
ACUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCAUGGCGGACGGAUAGAGGAACUUGCUC---CCGGAGUAACCUUCGCUUCCGUUGUCUUGCUGUUGCUACUCCU
..........((((((((((((.....)))..((((.(((((..((((...((((((---...)))))).))))...)))))))))..)))))))))...... ( -34.90)
>DroYak_CAF1 23555 100 + 1
ACUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCACGGAGGACGGAUUGAAGGACUUGCUA---CCGGAGCAACCUUGGCCUCCGUGGUCUUGCUGUUGCUGCUCCU
.....((.((((((((((((((......(((((((((......(.((((..(((((.---....))))))))).)))))))))))).)))))))))))))).. ( -44.10)
>DroAna_CAF1 41005 97 + 1
ACUUGGAGGCAGCUAUCGCCGAACUGUUCCAGGGCGGGCGGAUAGAGGCGUUGGCUCCAGCCGGAGAAGGCUUGCCCUC------CUUGCUUCCGGUGCUCCU
....(((((.(((((.((((...((((((......)))))).....)))).))))).).(((((((((((........)------))).).)))))).)))). ( -37.00)
>consensus
ACUUUGAUGCAGCGGCGGCGGAAAUAUUCCACGGAGGACGGAUAGAGGAACUUGCUC___CCGGAGUAAGCUUCGCCUCCGUUGUCUUGCUGUUGCUGCUCCU
.....((.((((((((((((((.....)))....(((((((...((((..(((((((......))))))).....))))..)))))))))))))))))))).. (-26.39 = -29.58 +   3.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 11,918,830 – 11,918,921
Length 91
Sequences 6
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.13
Mean single sequence MFE -36.25
Consensus MFE -28.44
Energy contribution -29.22
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.819260
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11918830 91 + 27905053
GAAGCUGAGCGAGCGUUUCGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGGGUAAAAGGAGGCUGUACGGGAGAGCAGUCGAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((((((((((((((....))))))))).((((((..((....(..((((((.(....).))))))..).))..)))))).))))))) ( -37.30)
>DroSec_CAF1 23665 91 + 1
GAAGCUGAGCGAGCGUUUCGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGGGUAAACGGAGGCUGUACGGGAGAGCAGUCAAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((((((((((((((....))))))))).((((((..((...((..((((((.(....).))))))..))))..)))))).))))))) ( -36.50)
>DroSim_CAF1 23597 91 + 1
GAAGCUGAGCGAGCGUUUCGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGGGUAAACGGAGGCUGUACGGGAGAGCAGUCGAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((((((((((((((....))))))))).((((((..((...((..((((((.(....).))))))..))))..)))))).))))))) ( -37.50)
>DroEre_CAF1 23299 91 + 1
GAAACUGAGCGAGCGUUUUGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGGGUAAAUGGAGGCUGUACUGGCGAACAGGCGAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((...(((((((((....)))))))))..))))..(((.((.(((((((((.(((.....)))((....)).))))))))))).))) ( -36.60)
>DroYak_CAF1 23655 91 + 1
GAAGCUGAGCGAGCGUUUUGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGUGUAGACGGAGUCUGUACGGGAGAACAAGCGAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((((((((((((((....))))))))).((((((.(((...((..(..(((.(....).)))..)..))))).)))))).))))))) ( -34.30)
>DroAna_CAF1 41102 88 + 1
GAAGCUGAGCGAUCGCUUCGUGGAGCGUUCAAAGGUGGGUGUUACGGGUAUGUGUGGAGCAACACAUCCUAAGGCAG---CCUCCUUGGCU
..((((....((.(((((....))))).)).((((.((.((((..(((.((((((......)))))))))..)))).---)).)))))))) ( -35.30)
>consensus
GAAGCUGAGCGAGCGUUUCGUGGAGCGCUCGAAGGUUGGGGUAAACGGAGGCUGUACGGGAGAACAGUCGAUGGCAGCGGCUUCCUUAGCU
..((((((((((((((((....))))))))).((((((..((.......((((((.(....).))))))....))..)))))).))))))) (-28.44 = -29.22 +   0.78)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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