Locus 4408

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,645,437 – 11,645,637
Length 200
Max. P 0.945010
window7197 window7198

overview

Window 7

Location 11,645,437 – 11,645,557
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -40.80
Consensus MFE -38.58
Energy contribution -39.14
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 1.35
SVM RNA-class probability 0.945010
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11645437 120 - 27905053
CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUUAAACGCUUGAGUGCCCGUUGCUUGGUUGGAUGCGCUUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG
..(((((((((........)))))))))......(((((..(((((((........)))).)))..))))).((((.((((.......)))).))))(((((......)))))....... ( -37.50)
>DroSec_CAF1 26289 120 - 1
CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUAAUCUCCG
..(((((((((........))))))))).((.((((.....)))).)).........(((((..((...((((((((((((.......))))))))).)))....))..)))))...... ( -41.90)
>DroSim_CAF1 28475 120 - 1
CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCAAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG
..(((((((((........)))))))))........((.((((.((..(((...((......)).....((((((((((((.......))))))))).))))))..)).)))).)).... ( -42.10)
>DroEre_CAF1 24183 120 - 1
CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCUCGCUGUUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAACUGAUCUCCG
..(((((((((........)))))))))((((..(((...(((((.......)))))....)))..(((((..((((((((.......)))))))))))))))))(((........))). ( -43.70)
>DroYak_CAF1 26771 120 - 1
CCGUCAUCACCCAUCCACCAGUGGUGAUCUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCUCGCUGUUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGUAGGAAACUGAUCUCCG
..((((((((..........))))))))......(((...(((((.......)))))....)))..(((((..((((((((.......)))))))))))))..(((....)))....... ( -38.80)
>consensus
CCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACCAGCGUCGAUCAAACGCUUUAGUGCCCGUUGCUUGGUGGGAUGCGCCUGAUCCCACCACAGCUGAAGGAAGCUGAUCUCCG
..(((((((((........)))))))))((((..(((...(((((.......)))))....)))..((((..(((((((((.......)))))))))))))))))(((........))). (-38.58 = -39.14 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 11,645,517 – 11,645,637
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.50
Mean single sequence MFE -34.57
Consensus MFE -31.52
Energy contribution -31.32
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.650827
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11645517 120 - 27905053
GACAUUCAGGUUGUUCUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC
........((((((......((((....))))....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))......)))))) ( -37.40)
>DroSec_CAF1 26369 120 - 1
GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC
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>DroSim_CAF1 28555 120 - 1
GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC
..(((.(((...(((....)))..))))))((....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))......)).... ( -32.50)
>DroEre_CAF1 24263 120 - 1
GACAUUCAGAUUGUUUUUAAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC
.....((..((((.......((((....))))....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).(((((((((........)))))))))..))))..)).. ( -32.40)
>DroYak_CAF1 26851 120 - 1
GACAUUAAGGUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAGCAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCAGUGGUGAUCUCAAUGCGACC
........((((((......(((((((.(((.....(((((((((...))))..(((((.((.((((....)))).))))))))))))......))).))))))).........)))))) ( -38.06)
>consensus
GACAUUCAGAUUGUUUUUUAGCCACUGAUGGCCCUCGAUGAGCUGAUCUAACAUCGGAUAGAUGUGGACAUUCGCCUCAUCCGUCAUCACCCAUCCACCGGUGGUGAUUUCAAUGCGACC
(.((((.(((((.............(((((((....((((((.(((((((.((((.....))))))))...))).)))))).))))))).(((((....))))).))))).))))).... (-31.52 = -31.32 +  -0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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