Locus 4392

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,614,577 – 11,614,697
Length 120
Max. P 0.566290
window7176

overview

Window 6

Location 11,614,577 – 11,614,697
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.39
Mean single sequence MFE -46.98
Consensus MFE -34.57
Energy contribution -31.88
Covariance contribution -2.68
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.566290
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11614577 120 - 27905053
CAGAUCGCACAGAUUGUUUGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUAGGGAAUAAUUGUGUAACGCACGCCA
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>DroSec_CAF1 4528 120 - 1
CAGAUCGCACAGAUUGUUGGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUAGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA
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>DroSim_CAF1 4535 120 - 1
CAGAUCGCACAGAUUGUUGGCAUUUACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUUAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCUUGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA
..((((.....))))..((((((((..(((......)))(((((((....)))))))))))))))....(((((((.((..(.(((((((.....)))))))...)..)).)).))))). ( -47.00)
>DroEre_CAF1 2098 120 - 1
CAGAUCGCACAGAUUAUUCGCAUUCACGGCGUGGUCGCCCAGGGUCGAAAGAUUCUGGAAUGUAAGCCAAGCGGCGCUGUGAGUGUUCUUUCCCAAGGAGUAAUUGUGCAACGCCCGCCA
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>DroYak_CAF1 2097 120 - 1
CAGGUCGCACAGAUUAUUCGCAUUUACGGCGUGGUCGCCCAGAGUUGAAAGAUUCUGGAAUGUAAUCCAGGCGGCGCUGUGGGUGUUCUUCCCCAAGGAGUAGUUGUGUAACGCCCGCCA
...((..((((.((((((((((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..((.....))))).))))))))))))).(((....))))))))))))))..))........ ( -46.70)
>DroAna_CAF1 2078 120 - 1
CAGAUCACACAGGUUAUGGGCGUUCGCGGCAUGAUCACCCAUAGUGGGUAGAUUCUGAAGGGUAAACCAGGCCGCGUUGUGGGUGCUCCUUCCCAGGGCGUAGUUGUGUAAAGGGCGCCA
..((((.....))))...((((((((((((..((((((((.....)))).)))).....((.....))..)))))(((.((((........)))).))).............))))))). ( -44.70)
>consensus
CAGAUCGCACAGAUUAUUGGCAUUCACGGCAUGAUCGCCCAGAGUCGGAAGAUUCUGGAAUGUAAUCCAGGCGGCGCUGUGCGUGUUCUUGCCCAGGGAAUAAUUGUGCAACGCCCGCCA
......(((((.((((((.(((..((((((........((((((((....))))))))..(((.......)))..))))))..)))(((......))))))))))))))........... (-34.57 = -31.88 +  -2.68)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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