| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,453,421 – 11,453,537 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.946876 |
| Location | 11,453,421 – 11,453,537 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.47 |
| Mean single sequence MFE | -32.86 |
| Consensus MFE | -26.52 |
| Energy contribution | -26.84 |
| Covariance contribution | 0.32 |
| Combinations/Pair | 1.09 |
| Mean z-score | -2.01 |
| Structure conservation index | 0.81 |
| SVM decision value | 1.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.946876 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11453421 116 + 27905053 AAAAUCUACAAGAGAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGCUUUUGGGGAGCGGAGACAGCGAGACAGAGCCAUCAGAGCACUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCU---- ....(((.....)))..((((((((.(((((((((..........)))))))))...(((....).))))))))))((((((((.(((...(((.....)))..))))))))))).---- ( -37.00) >DroSec_CAF1 185931 114 + 1 AAAAUCUACAAGAGAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGCUU--GGGGAGCCAAGACAGCGAGACAGAGCCAUCAGAGCUCUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCU---- ....(((.....)))..((((((((........(((...)))(((..(((--((....)))))..)))))))))))((((((((.((....(((.....)))...)))))))))).---- ( -32.50) >DroSim_CAF1 180986 115 + 1 AAAAUCUACAAGAGAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGCUU-CGGGGAGCGAAGACAGCGAGACAGAGCCAUCAGAGCUCUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCU---- ....(((.....)))..((((((((.((((.....)))).((.(((((((-....)))))))..))..))))))))((((((((.((....(((.....)))...)))))))))).---- ( -30.90) >DroEre_CAF1 175310 111 + 1 AAAAUCCACA-GCAAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGC--CUGGGGAGCGGAGACAGCGAGACAGAGCCAUCA--GCCAUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCU---- ....(((.((-(((((.(.(((((......)))))......).)))).--))).)))(((....).)).......((((((((--(.(((.(((.....))).))).)))))))))---- ( -32.00) >DroYak_CAF1 178966 120 + 1 GAAAUCUACAAGAAAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGCUCCCCAAGAGCAGAGACAGCGAGACAGAGCCAUCAGAGCCAUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCUAUAC .................((((((((.((((.....)))).((.(((((((.....)))))))..))..))))))))((((((((.((.((.(((.....))).))))))))))))..... ( -31.90) >consensus AAAAUCUACAAGAGAAGUUUGUUUCAUUAAAAGCAUUAGAUGGUUUGCUU_CGGGGAGCGGAGACAGCGAGACAGAGCCAUCAGAGCCCUACAAUAAUUUUGCAUGCCUGGUGGCU____ .................((((((((.((((.....)))).((.(((((((.....)))))))..))..))))))))((((((((.((....(((.....)))...))))))))))..... (-26.52 = -26.84 + 0.32)
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