Locus 428

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,570,911 – 1,571,031
Length 120
Max. P 0.647937
window698

overview

Window 8

Location 1,570,911 – 1,571,031
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.72
Mean single sequence MFE -53.30
Consensus MFE -37.43
Energy contribution -37.55
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.647937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1570911 120 - 27905053
CUCCGUGUCCACAGGCUCCGGCGUGGCCGAUUUUACGGAGUCAGCCCGUUCCGGGGAGGCGGCCCGGGAACGGAAGUUGGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUAAUUAGCGGAUACACACC
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>DroVir_CAF1 2009 120 - 1
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>DroGri_CAF1 1668 120 - 1
CUCGGUGUCCACAGGUUCUGGCGUGGCCGAUUUGACCGAAUCGGCACGCUCUGGUGAAGCGGCACGCGACCGAAAAUGAGGCGGCUUCUUGCCGCUGUAUGUUAUCAGUGGAUAGACACC
...(((((((((.((((...(((((((((((((....)))))))).(((((....).)))).)))))))))((.((((.((((((.....))))))...)))).)).)))))....)))) ( -52.60)
>DroWil_CAF1 1746 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 1846 120 - 1
UUCGGUAUCCACUGGCUCCGGCGUCUCCGAUUUGACUGAGUCGGCGCGUUCCGGGGACGCGGCACGCGAACGAAAAUGUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAGACACC
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>DroAna_CAF1 1694 120 - 1
CUCGGUGUCCACCGGUUCCGGUGAGGCCGAUUUCACGGAGUCAGCCCGUUCUGGCGAGGCGGCCCGCGAACGGAAAGUUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAUACCCC
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>consensus
CUCGGUGUCCACCGGCUCCGGCGUGGCCGAUUUGACCGAGUCAGCACGUUCCGGCGAGGCGGCACGCGAACGAAAAUGUGGCGGCUUCUUGCCGCUGUACGUGAUCAGCGGAUAGACACC
.....(((((...(((.((((((.(((((((((....)))))))))))..)))).(((((.((.((((........)))))).)))))..)))((((........)))))))))...... (-37.43 = -37.55 +   0.12)

alignment

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secondary structure

Postscript

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