| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,365,621 – 11,365,741 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.988410 |
| Location | 11,365,621 – 11,365,741 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 92.58 |
| Mean single sequence MFE | -44.14 |
| Consensus MFE | -37.48 |
| Energy contribution | -38.16 |
| Covariance contribution | 0.68 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -2.06 |
| Structure conservation index | 0.85 |
| SVM decision value | 2.12 |
| SVM RNA-class probability | 0.988410 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11365621 120 - 27905053 AAUGCCGUCCAUUGUGCGUUUGUAACUGCGAAGAGAGUGGGUGCCACCAUUGAGCAGAUCGAUCCUUCUGCUGCCCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCGAAGAUAUC ...(((............(((((....)))))..(((((((.(((((((((.((((((........)))))).(((((......))))))))))))))..)))))))))).......... ( -43.40) >DroSec_CAF1 113252 120 - 1 AAUGCCGUCCACUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCCUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((..((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....)))))..))))).)))))))..)))))))))))).))))... ( -45.20) >DroSim_CAF1 104286 120 - 1 AAUGCCAUCCACUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((..((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....))))).)))))..)))))))..)))))))))))).))))... ( -43.50) >DroEre_CAF1 100603 120 - 1 AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCUAAACGAGUUGGUGCCACCAUCGAGCAGAUAGAUCCUUCCGCUGCUCUCCAGUGCAAAGGCGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((((..((((((((((.(((........(.(((.....))).)((((((...((....))..))))))..)))))))))))))..))((((........))))..))))... ( -46.00) >DroYak_CAF1 103333 120 - 1 AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCUAAGCGAGUUGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCCCUCCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUACUCGGCCAAGGAUAUC ......((((.(((.(((.........((...))((((.((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....))))).)))))..)))))))))...))))))))))))))... ( -42.60) >consensus AAUGCCGUCCAUUGUGCCUUUGUAACUGCAAAACGAGUGGGUGCCACCAUCGAGCAGAUUGAUCCUUCCGCUGCUCUUCAGUGCAAGGGAGUGGUGGCCUUCUAUUCGGCCAAGGAUAUC ......((((.(((.((((((((....)))))..(((((((.(((((((((((.....))))(((((.(((((.....)))))..))))).)))))))..)))))))))))))))))... (-37.48 = -38.16 + 0.68)
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