Locus 4197

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,348,753 – 11,348,871
Length 118
Max. P 0.997923
window6762 window6763

overview

Window 2

Location 11,348,753 – 11,348,871
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.45
Mean single sequence MFE -41.18
Consensus MFE -37.40
Energy contribution -38.28
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.96
SVM RNA-class probability 0.997923
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11348753 118 + 27905053
--ACUGGUUUUCCGAGUCUGGGGGAUGAGCAUAUCUGGCAGAUACGUGUUCGCCUCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACAUUCGCCUCAAAUCAAUAAC
--....((...((((((((((((..((((((((((.....)))..))))))))))))))).......((((((.((....)).))))))...))))..)).................... ( -32.30)
>DroSec_CAF1 87630 118 + 1
--ACUGGUUUUCCGAGGCUGGGGGAUGAGCGUAUCAGGCAGAUACGUGUUCGCCUCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACACUCGCCUCGAAUCAAUAAC
--..(((((...(((((((((((((...(((((((.....)))))))..)).)))))((((((((..((((((.((....)).))))))....))..)))).)))))))))))))..... ( -41.90)
>DroSim_CAF1 86204 118 + 1
--ACUGGUUUUCCGAGGCUGGGGGAUGAGCGUAUCUGGCAGAUACGUGUUCGCCUCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACAUUCGCCUCGAAUCAAUAAC
--..(((((...(((((((((((((...(((((((.....)))))))..)).)))))((((((((..((((((.((....)).))))))....))..)))))).)))))))))))..... ( -42.80)
>DroEre_CAF1 83935 119 + 1
GCACUGGUUUUUCGAGGCUG-GGGAUGGGCGUAUCUGGCAGAUACGUGUUCGCCUCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACAUUCGCCUCGAAUCAAUAAC
..........((((((((((-(((..(.(((((((.....))))))).)...)))))((((((((..((((((.((....)).))))))....))..)))))).))))))))........ ( -43.00)
>DroYak_CAF1 86191 118 + 1
--ACUGGUUUGUCGAGGCCGGGGGAUGAGCGUAUCUGGCAGAUACGUGUUCGCCCCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACAUUCGCCUCGAAUCAAUAAC
--..((((...(((((((.((((((...(((((((.....)))))))..)).)))).((((((((..((((((.((....)).))))))....))..)))))).)))))))))))..... ( -45.90)
>consensus
__ACUGGUUUUCCGAGGCUGGGGGAUGAGCGUAUCUGGCAGAUACGUGUUCGCCUCAGAUGUACGUGUUGCGGAUUAAAUGAGCCGCAAAAUUCGGUUACAUUCGCCUCGAAUCAAUAAC
....(((((...((((((.((((((...(((((((.....)))))))..)).)))).((((((((..((((((.((....)).))))))....))..)))))).)))))))))))..... (-37.40 = -38.28 +   0.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 11,348,753 – 11,348,871
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.45
Mean single sequence MFE -32.04
Consensus MFE -29.86
Energy contribution -29.38
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.07
Structure conservation index 0.93
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513923
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11348753 118 - 27905053
GUUAUUGAUUUGAGGCGAAUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGAGGCGAACACGUAUCUGCCAGAUAUGCUCAUCCCCCAGACUCGGAAAACCAGU--
........((((((.....((((..((....((((((..........))))))..))))))((((.((.((...((((((.....))))))....)))).))))))))))........-- ( -25.10)
>DroSec_CAF1 87630 118 - 1
GUUAUUGAUUCGAGGCGAGUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGAGGCGAACACGUAUCUGCCUGAUACGCUCAUCCCCCAGCCUCGGAAAACCAGU--
........((((((((..(((((..((....((((((..........))))))..))))))).((.((.((...((((((.....))))))....)))).))))))))))........-- ( -32.50)
>DroSim_CAF1 86204 118 - 1
GUUAUUGAUUCGAGGCGAAUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGAGGCGAACACGUAUCUGCCAGAUACGCUCAUCCCCCAGCCUCGGAAAACCAGU--
........((((((((((.((((..((....((((((..........))))))..))))))))((.((.((...((((((.....))))))....)))).))))))))))........-- ( -32.10)
>DroEre_CAF1 83935 119 - 1
GUUAUUGAUUCGAGGCGAAUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGAGGCGAACACGUAUCUGCCAGAUACGCCCAUCCC-CAGCCUCGAAAAACCAGUGC
..(((((.((((((((((.((((..((....((((((..........))))))..))))))))((.((.((...((((((.....))))))....))))-))))))))))....))))). ( -33.10)
>DroYak_CAF1 86191 118 - 1
GUUAUUGAUUCGAGGCGAAUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGGGGCGAACACGUAUCUGCCAGAUACGCUCAUCCCCCGGCCUCGACAAACCAGU--
....(((..(((((((((.((((..((....((((((..........))))))..))))))))(((((.((...((((((.....))))))....)))))))))))))))))......-- ( -37.40)
>consensus
GUUAUUGAUUCGAGGCGAAUGUAACCGAAUUUUGCGGCUCAUUUAAUCCGCAACACGUACAUCUGAGGCGAACACGUAUCUGCCAGAUACGCUCAUCCCCCAGCCUCGGAAAACCAGU__
........(((((((((.(((((..((....((((((..........))))))..))))))))((.((.((...((((((.....))))))....)))).)))))))))).......... (-29.86 = -29.38 +  -0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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