| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,277,549 – 11,277,641 |
| Length | 92 |
| Max. P | 0.999270 |
| Location | 11,277,549 – 11,277,641 |
|---|---|
| Length | 92 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 68.76 |
| Mean single sequence MFE | -35.40 |
| Consensus MFE | -13.58 |
| Energy contribution | -18.75 |
| Covariance contribution | 5.17 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -3.80 |
| Structure conservation index | 0.38 |
| SVM decision value | 3.47 |
| SVM RNA-class probability | 0.999270 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11277549 92 + 27905053 CUUUAUAUUUCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCAAUGGCUGUGUGGCUAUCUGGCUAUCUGG------------------------CUAGAUGGCUAUAUGGCUUUGUGGCUACAC ..............(((((((((((...........((((((((((((((((((((....))------------------------))))))))))))))))))))))))).)))) ( -41.00) >DroSec_CAF1 12405 87 + 1 CUUUAUAUUUCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCCAUGG-----UGGCUAUCUGGCUAUCUGG------------------------CUAUCUGGCUAUAUGGCUUUGUGGCUACAC ..........(((((((.(.((((...)))).))))))-----))(((((..((((((.(((------------------------((....))))).))))))..)))))..... ( -29.90) >DroSim_CAF1 12275 87 + 1 CUUUAUAUUUCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCCAUGG-----UGGCUAUCUGGCUAUCUGG------------------------GUAUCUGGCUAUAUGGCUUUGUGGCUACAC ...........(((((((((((......(((((((.((-----(((((....))))))))))------------------------)))).)))).)))))))...(((....))) ( -33.50) >DroEre_CAF1 11396 108 + 1 CUUUAUAUUCCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCAAUGGCUAUAUGGCUAGAUGGCUAGAUGGCUAGAUGG--------CUGUGGGGCUACAUGGCUCUGUGGCUCUGUGGCUACAC ...........((((((((((...((....((((.(((((((.(((((....))))).)))))))..)))--------).))..))).)))))))..(((((((....))))))). ( -46.00) >DroYak_CAF1 11360 116 + 1 CUUUAUAUUUCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCAAUGGCUAUAUGGCUAGCUGGCUAGCUGGCUGUGAGGCUAUAUGGCUGUGGGGCUAUAUGGCUAUAUGGCUCUGUGGCUACAC ...........(((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).)))).)))))....)))))).)))))))...(((....))) ( -50.50) >DroAna_CAF1 11714 69 + 1 CUUUAUAUUGUGCCGAGUGCCAUAAUUUAUGCCAAUGGCUACACG-CUUACUGGUCGACACA------------------------CUGUCUGA---------------------- ....(((.((((.((((((((((...........))))).))...-((....))))).))))------------------------.)))....---------------------- ( -11.50) >consensus CUUUAUAUUUCGCCGUGUGCCAUAACUUAUGCCAAUGGCUAUAUGGCUAUCUGGCUAUCUGG________________________CUAUAUGGCUAUAUGGCUUUGUGGCUACAC ..............((((((((((......(((...))).....(((((..((((((..(((((.((((((......)))))).)))))..))))))..))))).)))))).)))) (-13.58 = -18.75 + 5.17)
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