Locus 413

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	1,541,526 – 1,541,616
Length	90
Max. P	0.989640

overview

Window 5

Location	1,541,526 – 1,541,616
Length	90
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.24
Mean single sequence MFE	-50.55
Consensus MFE	-32.10
Energy contribution	-32.63
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.28
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	2.17
SVM RNA-class probability	0.989640
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1541526 90 + 27905053
GGACGCCCGACAACA---GCAGCUUCUCGGAGCUGGCGUUGGUGU-G--------------------GCCCGAGGAGCUGCAGCUGGUGAGGCUGGACAGCGGCUUAUCAUCGU
((....)).......---((((((((((((.((((((....)).)-)--------------------))))))))))))))....((((((((((.....)))))..))))).. ( -38.90)
>DroVir_CAF1 52256 114 + 1
GUAUGCCGGACAACAGGAGCAGCUUCUCGGUGCUGGCGCUGGUGCUAGCAUCAUUGGUGCUGGCCAGGCCCGAGGAGCUGCAGCUGUUCAAGCUCGACAGCGGCUUGUCGUCCU
.......((((.(((((.((((((((((((..(((((((....))((((((.....)))))))))))..)))))))))))).((((((.......))))))..))))).)))). ( -62.50)
>DroPse_CAF1 42301 99 + 1
GCACGCCCGACAUCACCAGCAGCUUCUCGGAGCUGGCAUUGGUGC-U--------------GACCAGCCCCGAGGAGCUGCAGCUGUUCAGGCUGGACAGCGGCUUGUCAUCGU
..(((...((((...((.((((((((((((.(((((((.......-)--------------).))))).)))))))))))).(((((((.....)))))))))..))))..))) ( -52.60)
>DroYak_CAF1 38499 90 + 1
GAACGCCCGACAGGA---GCAGCUUCUCGGAGCUGGCAUUGGUGU-G--------------------GCCCGAGGAGCUGCAGCUGUUGAGGCUGGACAGCGGCUUGUCAUCGU
((..(((((((((..---((((((((((((.((((.((....)))-)--------------------))))))))))))))..)))))).)))..(((((....))))).)).. ( -46.10)
>DroAna_CAF1 40921 111 + 1
GCACGCCCGACAGCAGCAGCAGCUUCUCGGAACUGGCAUUGGUGU-GGG--UGCUGUUGCUUGCCACGCCCGAGGAGCUGCAGCUGUGGAGGCUAGACAACGGCUUGUCAUCGU
....((((.(((((....((((((((((((..(.......)((((-((.--.((....))...)))))))))))))))))).))))).).)))..(((((....)))))..... ( -50.60)
>DroPer_CAF1 43815 99 + 1
GCACGCCCGACAUCACCAGCAGCUUCUCGGAGCUGGCAUUGGUGC-U--------------GACCAGCCCCGAGGAGCUGCAGCUGUUCAGGCUGGACAGCGGCUUGUCAUCGU
..(((...((((...((.((((((((((((.(((((((.......-)--------------).))))).)))))))))))).(((((((.....)))))))))..))))..))) ( -52.60)
>consensus
GCACGCCCGACAACA_CAGCAGCUUCUCGGAGCUGGCAUUGGUGC_G______________G_CCAGGCCCGAGGAGCUGCAGCUGUUCAGGCUGGACAGCGGCUUGUCAUCGU
....(((...........((((((((((((.((..(((....)))......................)))))))))))))).((((((.......))))))))).......... (-32.10 = -32.63 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,541,526 – 1,541,616
Length	90
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.24
Mean single sequence MFE	-45.80
Consensus MFE	-29.29
Energy contribution	-30.96
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.19
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	2.13
SVM RNA-class probability	0.988726
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1541526 90 - 27905053
ACGAUGAUAAGCCGCUGUCCAGCCUCACCAGCUGCAGCUCCUCGGGC--------------------C-ACACCAACGCCAGCUCCGAGAAGCUGC---UGUUGUCGGGCGUCC
..(((((((......))))..((((...((((.((((((.(((((((--------------------.-............)).))))).))))))---.))))..))))))). ( -33.32)
>DroVir_CAF1 52256 114 - 1
AGGACGACAAGCCGCUGUCGAGCUUGAACAGCUGCAGCUCCUCGGGCCUGGCCAGCACCAAUGAUGCUAGCACCAGCGCCAGCACCGAGAAGCUGCUCCUGUUGUCCGGCAUAC
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>DroPse_CAF1 42301 99 - 1
ACGAUGACAAGCCGCUGUCCAGCCUGAACAGCUGCAGCUCCUCGGGGCUGGUC--------------A-GCACCAAUGCCAGCUCCGAGAAGCUGCUGGUGAUGUCGGGCGUGC
(((.(((((.((((((((.(.....).))))).((((((.(((((((((((.(--------------(-.......))))))))))))).)))))).)))..)))))..))).. ( -53.30)
>DroYak_CAF1 38499 90 - 1
ACGAUGACAAGCCGCUGUCCAGCCUCAACAGCUGCAGCUCCUCGGGC--------------------C-ACACCAAUGCCAGCUCCGAGAAGCUGC---UCCUGUCGGGCGUUC
.....((((......))))..((((..((((..((((((.(((((((--------------------.-.((....))...)).))))).))))))---..)))).)))).... ( -35.10)
>DroAna_CAF1 40921 111 - 1
ACGAUGACAAGCCGUUGUCUAGCCUCCACAGCUGCAGCUCCUCGGGCGUGGCAAGCAACAGCA--CCC-ACACCAAUGCCAGUUCCGAGAAGCUGCUGCUGCUGUCGGGCGUGC
..((..((.....))..))..((((.((((((.((((((.((((((..(((((..........--...-.......)))))..)))))).)))))).)))).))..)))).... ( -45.45)
>DroPer_CAF1 43815 99 - 1
ACGAUGACAAGCCGCUGUCCAGCCUGAACAGCUGCAGCUCCUCGGGGCUGGUC--------------A-GCACCAAUGCCAGCUCCGAGAAGCUGCUGGUGAUGUCGGGCGUGC
(((.(((((.((((((((.(.....).))))).((((((.(((((((((((.(--------------(-.......))))))))))))).)))))).)))..)))))..))).. ( -53.30)
>consensus
ACGAUGACAAGCCGCUGUCCAGCCUCAACAGCUGCAGCUCCUCGGGCCUGG_C______________C_ACACCAAUGCCAGCUCCGAGAAGCUGCUG_UGAUGUCGGGCGUGC
.....((((......))))..((((...((((.((((((.((((((..((((.........................))))..)))))).))))))....))))..)))).... (-29.29 = -30.96 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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