Locus 4109

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,212,939 – 11,213,059
Length 120
Max. P 0.661776
window6579

overview

Window 9

Location 11,212,939 – 11,213,059
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.44
Mean single sequence MFE -43.99
Consensus MFE -36.33
Energy contribution -35.12
Covariance contribution -1.22
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661776
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11212939 120 + 27905053
AACAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCGCCGCCGGAGCCAGUGGGCUACAACCUCAUCGACAGCUACCACGUCUACGUGGACGGCGUGCUCAAGGUCACCGUGAAGGCCAACGAACGCACA
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>DroPse_CAF1 23467 120 + 1
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>DroGri_CAF1 15731 120 + 1
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.........((((...(((..(((((..(((((.((((..(((((.(((...(.(((((((.............))))))).))))))))).)))).)))))..))))).)))..)))). ( -45.22)
>DroWil_CAF1 18032 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 14821 120 + 1
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>DroPer_CAF1 24311 120 + 1
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>consensus
AACAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCACCACCGGAGCCAGUGGGCUACAAUCUCAUCGACAGCUAUCACGUCUAUGUGGAUGGUGUGCUCAAGGUCACGGUGAAGGCCAACGAACGCACA
.......((((((((((((((((((....)))..)))))))))))..........(((..(((.....(((((....)))))....)))...((((........))))..)))))))... (-36.33 = -35.12 +  -1.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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