Locus 4106

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,206,887 – 11,206,995
Length 108
Max. P 0.903348
window6574

overview

Window 4

Location 11,206,887 – 11,206,995
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.12
Mean single sequence MFE -51.52
Consensus MFE -42.46
Energy contribution -41.85
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903348
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11206887 108 + 27905053
UCC------G------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCCCCAACGGAAUGCUGGACGCCCUCAG
...------(------((((...(.(.((((((.((((.......((((......)))).((((((((((((....))))))))))))..........)))).))))))).).))))).. ( -51.70)
>DroVir_CAF1 8251 108 + 1
UCG------C------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCAGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCGUGCUGGACUCGCUCAG
.(.------.------..)((((((....)).))))(..((((((((((......)))).((((((((((((....)))))))))))).(((((((.....).))))))))))))..).. ( -55.00)
>DroGri_CAF1 8985 114 + 1
UCA------GUGCAGUCGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGAUGCGCUCAG
..(------(((((.((((.....)).(((((((((((((.....((((......)))).((((((((((((....)))))))))))))).))).......))))))))))))))))... ( -54.31)
>DroWil_CAF1 12504 114 + 1
UUAGUUAGUG------AGAGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCAUCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGCCAGUGCCCCAAAUAGCAUGUUGGACGCCCUUAG
........((------((.(((..(((..((((((.((((.....((((......)))).(.((((((((((....)))))))))).).))))........)))))))))..))))))). ( -44.20)
>DroMoj_CAF1 8648 108 + 1
UCA------G------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGACUCGCUUAG
...------.------(((((((((....)).))))...((((((((((......)))).((((((((((((....))))))))))))(((((........)).)))..))))))))).. ( -50.30)
>DroPer_CAF1 14093 108 + 1
UCA------U------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCUCCCAACGGAAUGCUGGACUCCCUCAG
...------.------.((((.((.(.((((((.((((..((((.((((......)))).((((((((((((....))))))))))))...))))...)))).))))))).)).)))).. ( -53.60)
>consensus
UCA______G______AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCAUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGACGCCCUCAG
..................(((......((((((((.((.......((((......)))).((((((((((((....))))))))))))..........)).))))))))......))).. (-42.46 = -41.85 +  -0.61)

alignment

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secondary structure

Postscript

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