| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,144,422 – 11,144,524 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.543136 |
| Location | 11,144,422 – 11,144,524 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.17 |
| Mean single sequence MFE | -41.15 |
| Consensus MFE | -24.69 |
| Energy contribution | -24.92 |
| Covariance contribution | 0.23 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.96 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| SVM decision value | 0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.543136 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11144422 102 + 27905053 ACUCAAGUAGCUA---CUGCUACUGCUGGC-ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUCGGGGUGGCCACGGCCGC---AGUGGAUGGUGUGGGCAGUUCCGCUUCGGAUAA .....((((((..---..))))))((((.(-....((((((((((((((((((((....)))))....))).)---))))).)))))).).))))((((...))))... ( -43.90) >DroSec_CAF1 4141 102 + 1 ACUCAAGUAGCUA---CUGCUACUGCUGGC-ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUCGGGGUGGCCACUGCCGC---GGUGGAUGGUGUGGGCAGUUCCGGCUCGGAUAA .....((((((..---..))))))(((((.-(((.((((((((((((((((((((....)))))....))).)---))))).))))))....))).)))))........ ( -44.70) >DroSim_CAF1 4512 102 + 1 ACUCAAGUAGCUA---CUGCUACUGCUGGC-ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUCGGGGUGGCCACUGCCGC---GGUGGAUGGUGUGGGCAGUUCCGGCUCGGAUAA .....((((((..---..))))))(((((.-(((.((((((((((((((((((((....)))))....))).)---))))).))))))....))).)))))........ ( -44.70) >DroEre_CAF1 4261 102 + 1 ACUCAAGUAGCUA---CUGCUACUGCUAGC-ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUCGGGGUGGCCACUGCCGA---GGUGGAUGGAGUGGGCAGUUCCGCUUCGGACAA .(((.((((((..---..))))))......-................((((((((....)))))....)))))---).((..(((((((((....)))))))))..)). ( -36.10) >DroYak_CAF1 4642 102 + 1 ACUCAAGUAGCUA---CUGCUACUGCUGGC-ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUUGCGGUAACCACUGCUGC---GGUGGAUGGUGCGGGCAGCUCCGCUUCGGAUAA .....((((((..---..))))))(((.((-((((...(((....)))...(((((((((((.....))))))---))))).)))))).)))...((((...))))... ( -40.40) >DroPer_CAF1 2427 102 + 1 GCUCAAAUAGCUGCCACUGCUGCUACUGGCCAUUGUCCCCACCA-UGGG------UGUGGUGGCUCCUGCUGCUAAAUUCGAUGGAGUUGGUAAUUCCAUUUCGGCGGA ..........(((((...((.((....((((((..(.(((....-.)))------.)..))))))...)).)).......((((((((.....))))))))..))))). ( -37.10) >consensus ACUCAAGUAGCUA___CUGCUACUGCUGGC_ACUAACACUACUACUGGGCGCCAUCGGGGUGGCCACUGCCGC___GGUGGAUGGUGUGGGCAGUUCCGCUUCGGAUAA .....((((((.......))))))(((.((.((((...(((....)))...(((((...(((((....)))))...))))).)))))).)))...(((.....)))... (-24.69 = -24.92 + 0.23)
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