| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,013,943 – 11,014,059 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.708923 |
| Location | 11,013,943 – 11,014,059 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.11 |
| Mean single sequence MFE | -46.45 |
| Consensus MFE | -26.43 |
| Energy contribution | -26.63 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.40 |
| Mean z-score | -1.70 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| SVM decision value | 0.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.708923 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11013943 116 + 27905053 ----CCCCAUCAGGUGUGGGCGUCCACUCGGGCGCAGUGGUGGCGGGCAUCGUGGGCCUUAAGAUGCCGCGUUACUGUCUCUUUGGCGAUACGGUCAAUACCGCCUCACGAAUGGAGUCC ----..((((...(((.((((((((....))))))...(((((((((((((...........)))))).)))))))(((.....)))....((((....)))))).)))..))))..... ( -43.40) >DroVir_CAF1 126284 118 + 1 AC--UUGGAGCAGGUGUGGGUGUACACUCGGGCGCCGUCGUGGCCGGUAUUGUGGGCUUAAAGAUGCCACGUUAUUGUCUGUUUGGCGAUAGCGUUAAUACCGCCUCCAGAAUGGAGUCC ((--(((...)))))..((((....))))((((.((((..(((.((((((((..(((........)))(((((((((((.....)))))))))))))))))))...)))..)))).)))) ( -45.30) >DroGri_CAF1 92769 118 + 1 UU--UUGGGGCAGGUGUCGGCGUUCAUUCGGGCGCGGUUGUUGCUGGCAUUGUGGGUCUGAAGAUGCCGCGUUAUUGCCUGUUUGGCGAUAGCGUAAAUACCGCCUCCAGAAUGGAGUCC ((--(((((((.(((((.((((((..(((((((.((..(((.....)))...)).)))))))))))))(((((((((((.....)))))))))))..)))))))).))))))........ ( -52.50) >DroWil_CAF1 85885 116 + 1 ----AUGUUUUAGGUGUGGGUGUUCAUUCUGGUGCAGUUGUUGCUGGCAUUGUGGGUCUGAAGAUGCCUAGAUAUUGCCUUUUUGGCGACACUGUGAAUACAGCCUCACGCAUGGAAUCG ----..((((((.(((((((.(((.((((....(((((.((((((((((.(.(((((........))))).)...)))).....)))))))))))))))..)))))))))).)))))).. ( -37.70) >DroMoj_CAF1 105239 120 + 1 UCGUUCGGAGUAGGCGUGGGCGUUCAUUCGGGCGCCGUUGUCGCCGGCAUUGUGGGCCUGAAAAUGCCGCGAUAUUGCCUGUUCGGCGACAGCGUUAAUACCGCCUCCCGAAUGGAGUCC ((((((((.(.(((((.((((((((....)))))))(((((((((((((.(((((((.(....).))).).))).)))).....))))))))).......)))))))))))))))..... ( -58.40) >DroAna_CAF1 105288 116 + 1 ----CUUCUCCAGGUGUGGGCGUCCAUUCUGGAGCCGUGGUGGCUGGAAUUGUGGGCUUGAAAAUGCCACGGUACUGUCUGUUUGGUGAUACUGUGAACACAGCAUCGCGGAUGGAGUCC ----...(((((((.((((....)))))))))))((((((((.(((........(((........)))((((((.(..(.....)..).)))))).....)))))))))))......... ( -41.40) >consensus ____UUGGAGCAGGUGUGGGCGUUCAUUCGGGCGCCGUUGUGGCUGGCAUUGUGGGCCUGAAGAUGCCGCGUUAUUGCCUGUUUGGCGAUACCGUGAAUACCGCCUCCCGAAUGGAGUCC .................((((.((((((((((.((.((..((((.((((((...........))))))....(((((((.....)))))))..))))..)).)).))).))))))))))) (-26.43 = -26.63 + 0.20)
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