| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,997,695 – 10,997,791 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.506495 |

| Location | 10,997,695 – 10,997,791 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 101 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.28 |
| Mean single sequence MFE | -19.52 |
| Consensus MFE | -14.08 |
| Energy contribution | -14.58 |
| Covariance contribution | 0.50 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | -0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.506495 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
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