Locus 4012

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,935,862 – 10,936,002
Length	140
Max. P	0.956517

overview

Window 9

Location	10,935,862 – 10,935,966
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.37
Mean single sequence MFE	-34.94
Consensus MFE	-17.41
Energy contribution	-17.25
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.21
SVM RNA-class probability	0.636850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10935862 104 - 27905053
UUAAAC--GGG----CUGUGGACUGAGGC-U-AGGUUUAGUUUUAGCUC-UGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUGUUUAUUGCAAAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCUCUGAU
.....(--(((----(((..(((((((((-(-(....))))))))).))-..)))))))....(((((((.((((((((....))).)))))..)))))))............ ( -39.40)
>DroSim_CAF1 12754 104 - 1
UUAAAC--GGG----CUGUGGACUGAGGC-U-AGGUUUAGUUUUAGCUC-UGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUGUUUAUUGCAAAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCUCUGAU
.....(--(((----(((..(((((((((-(-(....))))))))).))-..)))))))....(((((((.((((((((....))).)))))..)))))))............ ( -39.40)
>DroEre_CAF1 5317 104 - 1
UUAAAC--GGG----CUGUGGAUUGGGGC-U-AGGUUUAGUUUUAGCUC-UGCGGCCCGAUUAUGGGCUGCUGUUUAUUGCAAAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCUCUGAU
......--(((----((...(((((((((-(-(((......))))))..-.(((((((......)))))))......((((........))))....)))))))))))).... ( -36.70)
>DroWil_CAF1 4926 112 - 1
UUGCAUUGGGGGGUUUUGGGGUUUGAGGUCUGGGGUGUGGGUUUUGCUCUUGUGGCCCGAUUACU-GCUGCAGUUUAUUGCAUAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCGUUGAU
..((((((((..((((....((((((((((.(((.((..((.......))..)).))))))).((-(.(((((....))))))))))))))))))..))))))..))...... ( -32.20)
>DroYak_CAF1 13067 104 - 1
UUAAAU--GGG----CCGUGGACUGAGGC-U-AGAUUUAGUUUUAGCUC-UGCGGCCCGAUUAUGGGCUGCUGUUUAUUGCAAAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCUCUGAU
.(((.(--(((----(((..(((((((((-(-(....))))))))).))-..))))))).)))..((((..(((.....))).))))((((.(((......))).)))).... ( -39.60)
>DroAna_CAF1 5212 98 - 1
UCGACU--GAG----CUGUUGAUUGGGGU-U-GGGUUCGGUU------C-UUUGGGAAGAUUAUGGGUUGCUGUUUAGUGCAUAGUCGAGCAAAUAACUCAAUUAGUCUUGAU
..((((--((.----..........((((-(-(.((((..((------(-.....)))(((((((.((((.....)))).)))))))))))...))))))..))))))..... ( -22.32)
>consensus
UUAAAC__GGG____CUGUGGACUGAGGC_U_AGGUUUAGUUUUAGCUC_UGCGGCCCGAUUAUGGGCUGCUGUUUAUUGCAAAGUCGAGCAAAUAACCCAAUUAGCUCUGAU
........(((........((((((((.(....).))))))))..((((..((((((((....))))))))(((.....))).....))))......)))............. (-17.41 = -17.25 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	10,935,902 – 10,936,002
Length	100
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.26
Mean single sequence MFE	-38.68
Consensus MFE	-30.80
Energy contribution	-30.87
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-3.10
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.47
SVM RNA-class probability	0.956517
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10935902 100 - 27905053
AUAGUUCACUUGUU--CGAAGCUCCACUGUAGUGGCUUUUAAACGGGCUGUGGACUGAGGCUAGGUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUG
(((((...(((...--..)))....)))))((..(((..(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).)))..)))..)). ( -39.70)
>DroSec_CAF1 5336 100 - 1
AUGGUUCACUUGCU--CGAAGCUCUACUGUAGUGGCUUUUAAACGGGCUGUGGACUGAGGCUAGGUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUG
(((((......((.--....))...)))))((..(((..(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).)))..)))..)). ( -40.00)
>DroSim_CAF1 12794 100 - 1
AUGGUUCACUUGCU--CGAAGCUCCACUGUAGUGGCUUUUAAACGGGCUGUGGACUGAGGCUAGGUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUG
.(((....(((...--..)))..)))...(((..(((..(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).)))..)))..))) ( -39.90)
>DroEre_CAF1 5357 100 - 1
AUGGUACACUUGGU--CGAGGUUCCACUGUAGCUGCCUUUAAACGGGCUGUGGAUUGGGGCUAGGUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGCUGCUG
.(((.((.(((...--.))))).)))...((((.((((.(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).))).)))).)))) ( -42.80)
>DroYak_CAF1 13107 100 - 1
UUGGUUCACUUGAU--AGAGGUUCCACUGUAGCUGCCUUUAAAUGGGCCGUGGACUGAGGCUAGAUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGCUGCUG
.(((..(.(((...--.))))..)))...((((.((((.(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).))).)))).)))) ( -45.50)
>DroAna_CAF1 5252 95 - 1
A-AGCUCCUCUGUUAGCCACGUUCCACGGUACUGGGCUUCGACUGAGCUGUUGAUUGGGGUUGGGUUCGGUU------CUUUGGGAAGAUUAUGGGUUGCUG
.-(((..(((...((..(...(((((.((.((((((((.(((((...(((.....)))))))))))))))).------)).))))).)..)).)))..))). ( -24.20)
>consensus
AUGGUUCACUUGCU__CGAAGCUCCACUGUAGUGGCCUUUAAACGGGCUGUGGACUGAGGCUAGGUUUAGUUUUAGCUCUGCGGCCCGAUUAUGGGUUGCUG
.............................(((((((((.(((.(((((((..(((((((((((....))))))))).))..))))))).))).))))))))) (-30.80 = -30.87 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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