Locus 4009

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,923,382 – 10,923,502
Length 120
Max. P 0.500000
window6426

overview

Window 6

Location 10,923,382 – 10,923,502
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.72
Mean single sequence MFE -51.43
Consensus MFE -31.10
Energy contribution -31.33
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10923382 120 - 27905053
GUGCUCAAAGUACACGAUGUAGCGAGUAGUUUCAGGGAGCUGGUAGGCGUGGAGAUCGGACCCAUUGGCGCAGGACAAUUGGCCCUGCAGGCCGAGUGUCUGGCCAAUGUCCUGGCUACU
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>DroVir_CAF1 34 120 - 1
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>DroGri_CAF1 34 120 - 1
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>DroWil_CAF1 34 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 34 120 - 1
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>DroAna_CAF1 34 120 - 1
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>consensus
GUGCUCAAGGUGCACGAUGUGGCGAGCAGUUUCCGGGAGCUGGUUGGCGUGCAGAUCGGACCCAUCGGAGCCGGCCAACUGGCCCUGCAGGCCGAGUGUCUGGCCAAUGUCCUGGCCACC
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alignment

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secondary structure

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