| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,723,011 – 10,723,131 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.994774 |
| Location | 10,723,011 – 10,723,131 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 91.58 |
| Mean single sequence MFE | -45.12 |
| Consensus MFE | -36.74 |
| Energy contribution | -36.94 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.15 |
| Mean z-score | -2.63 |
| Structure conservation index | 0.81 |
| SVM decision value | 2.51 |
| SVM RNA-class probability | 0.994774 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10723011 120 - 27905053 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAACAACAGCUAUCAGUUGGUUGUGGCCUAUGUAAACCACCGGUUCAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((((((((((...(..((((((..(.((.((((.(((((((.....))).)))))))).)).)....))))))..)..))))))......((...))....)))))))) ( -40.80) >DroSec_CAF1 10745 120 - 1 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAAUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCAGCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((((((((((..((((((.(((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....))).)))))).))))))......((...))....)))))))) ( -40.80) >DroSim_CAF1 10735 120 - 1 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAACCGGUGGAUCCUAUGCCGGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCAGCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGUCUUGUGGACAC .......((((((.(((((((..((((((.(((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....))).)))))).)))))))(((((((...)))).))))))))) ( -47.90) >DroEre_CAF1 12127 120 - 1 UUACCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUGUUGGCCUAUGUAAGCCACCGGUUUAGAGCGCAGCAGACCAUCGGCCUUGUAGACAC ...(((((.(((..(((((((..((..((((((..(.((.(((((((.((((.....)))).))))))).)).)....))))))..)).)))))))...))))).)))............ ( -47.30) >DroYak_CAF1 10663 120 - 1 CUACCGCGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUGUUGGCCUUUGUUAGCCAUCGUUUUGGAGCGCAGCAGACAAUCGGACUUGUGGACAC ...(((((.((((.((((((((.(((.((((((.......(((((((.((((.....)))).))))))).........))))))))).))))))))...(.....))))).))))).... ( -48.79) >consensus CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCACCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((.(((((((...(((((((((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....)))))))))..)))))))((((.(.....).).))))))))) (-36.74 = -36.94 + 0.20)
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